Mit der Niederlage der ionischen Flotte in der Schlacht von Lade war der Aufstand praktisch beendet.Milet war eng umschlossen, die Perser „bauten die Mauern ab und setzten alle Mittel dagegen ein, bis sie sie vollständig eroberten“.Laut Herodot wurden die meisten Männer getötet und die Frauen und Kinder versklavt.Archäologische Beweise untermauern dies teilweise und zeigen weit verbreitete Anzeichen von Zerstörung und Verlassenheit großer Teile der Stadt nach Lade.Einige Milesier blieben jedoch in Milet (oder kehrten schnell dorthin zurück), obwohl die Stadt ihre frühere Größe nie wiedererlangen würde.Milet blieb somit theoretisch „ohne Milesier“;Die Perser nahmen die Stadt und das Küstenland für sich ein und übergaben den Rest des milesischen Territoriums an die Karer aus Pedasus.Die gefangenen Milesier wurden vor Darius in Susa gebracht, der sie in „Ampé“ an der Küste des Persischen Golfs nahe der Mündung des Tigris ansiedelte.Viele Samier waren entsetzt über das Vorgehen ihrer Generäle bei Lade und beschlossen, auszuwandern, bevor ihr alter Tyrann, Aeaces von Samos, zurückkehrte, um sie zu regieren.Sie folgten einer Einladung der Einwohner von Zancle, sich an der Küste Siziliens niederzulassen, und nahmen die Milesier mit, denen die Flucht vor den Persern gelungen war.Samos selbst blieb aufgrund des Abfalls der Samier bei Lade von der Zerstörung durch die Perser verschont.Der größte Teil Kariens ergab sich nun den Persern, einige Festungen mussten jedoch mit Gewalt erobert werden.