Nikephoros geriet 1078 in Konflikt mit Kaiser Michael, als er den Kaiser bat, sich mit der sich verschlechternden Situation im byzantinischen Anatolien zu befassen, und Michael mit seiner Offenheit beleidigte.Um sich zu schützen, versammelte Nikephoros eine Armee einheimischer Truppen und türkischer Söldner und erklärte sich im Juli oder Oktober 1077 zum Kaiser. Nikephoros sammelte aufgrund seines militärischen Scharfsinns und seines familiären Ansehens eine starke Unterstützungsbasis und wurde später am 7. vom byzantinischen Senat anerkannt Januar 1078, woraufhin er mit Hilfe der Bürger von Konstantinopel den Thron bestieg.Als Kaiser sah sich Nikephoros zahlreichen Aufständen ausgesetzt, darunter denen von Nikephoros Bryennios, Nikephoros Basilakes und Konstantin Doukas, sowie einem Attentatsversuch der Warägergarde .Nikephoros nahm die Insignien eines Kaisers an und unternahm viele Maßnahmen, um seine Legitimität und Unterstützung zu erhöhen, wie etwa die Ausgabe großer Beträge für Spenden für die Armee und seine Anhänger, den Erlass aller rückständigen Schulden und die Einführung kleinerer Rechtsreformen.Diplomatisch sicherte Nikephoros die Unterwerfung von Theodore Gabras und Philaretos Brachamios, den Gouverneuren von Trapezunt bzw. Antiochia, die aufgrund der ständigen Einfälle der Seldschuken in das byzantinische Anatolien de facto unabhängig vom Byzantinischen Reich geworden waren.