Der normannische Herzog Robert Guiscard von Apulien bereitete sich 1081 auf den Einmarsch in das Byzantinische Reich vor, unter dem Vorwand, die Nachfolge von Konstantin Doukas zu verteidigen, der mit Roberts Tochter Helena verlobt war;Gleichzeitig eroberten die Seldschuken die Stadt Kyzikos.Alexios wurde mit einer beträchtlichen Armee betraut, um die normannische Bedrohung abzuwehren, verschwor sich jedoch mit seinem Verwandten John Doukas, um stattdessen den Thron für sich selbst zu besteigen.Alexios erhob einen Aufstand gegen Nikephoros und konnte Konstantinopel aufgrund des Fehlens einer Verteidigungsarmee schnell umzingeln und belagern.Nikeophoros konnte sich weder die Unterstützung der seldschukischen Türken noch Nikephoros Melissenos, seines traditionellen Rivalen, sichern und war daher gezwungen, sich auf die Abdankung vorzubereiten.Nikephoros entschied, dass seine einzige Wahl darin bestand, zugunsten von Melissenos abzudanken, der sich in der Nähe in Damalis in Anatolien aufhielt, und schickte Boten zu ihm über den Bosporus;Diese Boten wurden jedoch von George Palaiologos, einem General von Alexios, abgefangen, der sie überredete, Alexios zu unterstützen.Alexios und seine Truppen durchbrachen am 1. April 1081 die Mauern von Konstantinopel und plünderten die Stadt;Patriarch Cosmas überzeugte Nikephoros, Alexios abzudanken, anstatt den Bürgerkrieg zu verlängern.Nikephoros floh daraufhin in die Hagia Sophia und suchte dort Zuflucht.Michael, der Logothet von Alexios, begleitete Nikephoros dann zum Kloster Peribleptus, wo er abdankte und Mönch wurde.Er starb später in diesem Jahr.