In der Nähe der Stadt Sharpsburg stationierte Lee ab dem 15. September seine verfügbaren Streitkräfte hinter Antietam Creek entlang eines niedrigen Bergrückens. Es handelte sich zwar um eine wirksame Verteidigungsposition, aber nicht um eine uneinnehmbare.Das Gelände bot den Infanteristen mit Gitter- und Steinzäunen, Kalksteinfelsen, kleinen Mulden und Mulden hervorragende Deckung.Der Bach an ihrer Vorderseite stellte mit einer Breite von 18–30 m (60 bis 100 Fuß) nur eine kleine Barriere dar, war stellenweise überquerbar und wurde von drei Steinbrücken im Abstand von jeweils 1,5 km überquert.Es war auch eine prekäre Lage, da der Rücken der Konföderierten durch den Potomac River blockiert war und nur ein einziger Grenzübergang, Boteler's Ford in Shepherdstown, in der Nähe war, falls ein Rückzug erforderlich sein sollte.(Die Furt in Williamsport, Maryland, lag 10 Meilen (16 km) nordwestlich von Sharpsburg und wurde von Jackson auf seinem Marsch nach Harpers Ferry genutzt. Die Aufstellung der Streitkräfte der Union während der Schlacht machte es unpraktisch, über einen Rückzug in diese Richtung nachzudenken.) Und am 15. September bestand die Truppe unter Lees unmittelbarem Kommando aus nicht mehr als 18.000 Mann, nur einem Drittel der Größe der Bundesarmee.^[7]Die ersten beiden Divisionen der Union trafen am Nachmittag des 15. September ein und der Großteil der restlichen Armee am späten Abend.Obwohl ein sofortiger Angriff der Union am Morgen des 16. September zahlenmäßig einen überwältigenden Vorteil gehabt hätte, veranlasste McClellans typische Vorsicht und seine Überzeugung, dass Lee bis zu 100.000 Mann in Sharpsburg hatte, seinen Angriff um einen Tag zu verschieben.^[8] Dies gab den Konföderierten mehr Zeit, Verteidigungspositionen vorzubereiten, und ermöglichte es Longstreets Korps, aus Hagerstown und Jacksons Korps, abzüglich der Division von AP Hill, aus Harpers Ferry anzureisen.Jackson verteidigte die linke (nördliche) Flanke, verankert am Potomac, Longstreet die rechte (südliche) Flanke, verankert am Antietam, einer etwa 6 km langen Linie.(Als die Schlacht voranschritt und Lee seine Einheiten wechselte, überschnitten sich diese Korpsgrenzen erheblich.) ^[9]Am Abend des 16. September befahl McClellan Hookers I Corps, Antietam Creek zu überqueren und die feindlichen Stellungen zu untersuchen.Meades Division griff Hoods Truppen in der Nähe der East Woods vorsichtig an.Nach Einbruch der Dunkelheit ging das Artilleriefeuer weiter, während McClellan seine Truppen für die Kämpfe am nächsten Tag aufstellte.McClellans Plan bestand darin, die linke Flanke des Feindes zu überwältigen.Er kam zu dieser Entscheidung aufgrund der Konfiguration der Brücken über den Antietam.Die untere Brücke (die bald Burnside Bridge heißen sollte) wurde von Stellungen der Konföderierten auf den sie überblickenden Klippen dominiert.Die mittlere Brücke an der Straße von Boonsboro war Artilleriefeuer aus den Höhen bei Sharpsburg ausgesetzt.Aber die obere Brücke befand sich 2 Meilen (3 km) östlich der Kanonen der Konföderierten und konnte sicher überquert werden.McClellan plante, mehr als die Hälfte seiner Armee für den Angriff einzusetzen, beginnend mit zwei Korps, unterstützt von einem dritten und bei Bedarf einem vierten.Er beabsichtigte, mit einem fünften Korps gleichzeitig einen Ablenkungsangriff gegen die Rechte der Konföderierten zu starten, und er war bereit, mit seinen Reserven das Zentrum anzugreifen, falls einer der beiden Angriffe erfolgreich sein sollte.^[10] Das Gefecht in den East Woods diente dazu, McClellans Absichten an Lee zu signalisieren, der seine Verteidigung entsprechend vorbereitete.Er verlegte Männer auf seine linke Flanke und sandte dringende Nachrichten an seine beiden Kommandeure, die noch nicht auf dem Schlachtfeld angekommen waren: Lafayette McLaws mit zwei Divisionen und AP Hill mit einer Division.^[11]