Die Schlacht war um 17:30 Uhr vorbei. Am Morgen des 18. September bereitete sich Lees Armee auf die Verteidigung gegen einen Bundesangriff vor, der jedoch nie erfolgte.Nach einem improvisierten Waffenstillstand für beide Seiten zur Genesung und zum Austausch ihrer Verwundeten begannen Lees Truppen am Abend mit dem Rückzug über den Potomac, um nach Virginia zurückzukehren.Die Verluste aus der Schlacht waren auf beiden Seiten hoch.Die Union hatte 12.410 Opfer und 2.108 Tote.^[42] Die Verluste der Konföderierten betrugen 10.316 und 1.547 Tote.Dies entsprach 25 % der Bundesstreitkräfte und 31 % der Konföderierten.Insgesamt verloren beide Seiten an einem einzigen Tag insgesamt 22.726 Opfer, fast so viele Verluste wie die Zahl der Verluste, die das Land fünf Monate zuvor in der zweitägigen Schlacht von Shiloh schockiert hatte.Bei den Kämpfen am 17. September 1862 kamen 7.650 amerikanische Soldaten ums Leben.^[43] Am 17. September 1862 starben mehr Amerikaner in der Schlacht als an jedem anderen Tag in der Geschichte des Landes.Antietam wird manchmal als der blutigste Tag in der gesamten amerikanischen Geschichte bezeichnet.Antietam liegt in Bezug auf die Gesamtzahl der Opfer in Bürgerkriegsschlachten an fünfter Stelle und liegt hinter Gettysburg, Chickamauga, Chancellorsville und Spotsylvania Court House.