Jackson erfuhr um 7 Uhr morgens, dass die Federals sich seiner Kolonne näherten.Ohne eine angemessene Aufklärung durchzuführen oder darauf zu warten, dass der Großteil seiner Streitmacht heranrückt, befahl er Winders Stonewall-Brigade, durch den dünner werdenden Nebel anzustürmen.Die Brigade geriet zwischen Artillerie an ihren Flanken und Gewehrsalven an ihrer Front und fiel in Unordnung zurück.Sie waren an der Spitze der Shields-Armee auf zwei Brigaden gestoßen, 3.000 Mann unter Brig.General Erastus B. Tyler.Bei dem Versuch, sich einer möglichen Katastrophe zu entziehen, erkannte Jackson, dass das Artilleriefeuer der Union von einem Ausläufer des Blue Ridge kam.Jackson und Winder schickten das 2. und 4. Virginia-Infanterieregiment durch das dichte Unterholz den Hügel hinauf, wo sie auf drei Infanterieregimenter der Union trafen, die die Artillerie unterstützten, und zurückgeschlagen wurden.Nachdem sein Angriff auf die Coaling gescheitert war, befahl Jackson dem Rest von Ewells Division, vor allem Trimbles Brigade, die North River-Brücke zu überqueren und sie hinter sich niederzubrennen, wodurch Frémonts Männer nördlich des Flusses isoliert blieben.Während er auf das Eintreffen dieser Truppen wartete, verstärkte Jackson seine Linie mit der 7. Louisiana-Infanterie von Taylors Brigade und befahl Taylor, einen weiteren Versuch gegen die Batterien der Union zu unternehmen.Winder erkannte, dass die Federals im Begriff waren, anzugreifen, und befahl daher einen Präventivangriff, doch angesichts der direkten Salven und der knappen Munition wurde die Stonewall-Brigade in die Flucht geschlagen.Zu diesem Zeitpunkt traf Ewell auf dem Schlachtfeld ein und befahl dem 44. und 58. Virginia-Infanterieregiment, die linke Flanke der vorrückenden Schlachtlinie der Union anzugreifen.Tylers Männer zogen sich zurück, organisierten sich aber neu und trieben Ewells Männer in den Wald südlich der Coaling.Taylor griff die Infanterie und Artillerie am Coaling dreimal an, bevor er siegte, aber nachdem er sein Ziel erreicht hatte, sah er sich einem neuen Angriff von drei Ohio-Regimentern gegenüber.Erst das überraschende Erscheinen von Ewells Truppen überzeugte Tyler, seine Männer abzuziehen.Die Konföderierten begannen, die Unionstruppen auf dem Flachland zu bombardieren, wobei Ewell selbst fröhlich eine der Kanonen bemannte.Weitere Verstärkungen der Konföderierten trafen ein, darunter die Brigade der Brigade.General William B. Taliaferro und die Unionsarmee begannen widerwillig mit dem Rückzug.Jackson bemerkte zu Ewell: „General, wer darin nicht die Hand Gottes sieht, ist blind, Sir, blind.“Die Ungestümheit von Jackson hatte ihn dazu verleitet, anzugreifen, bevor seine Truppen ausreichend versammelt waren, was durch die unzureichenden Möglichkeiten zur Überquerung des Flusses erschwert wurde.Die Schlacht von Port Republic war von Jackson schlecht gemanagt worden und hatte für die Konföderierten den größten Schaden an Verlusten zur Folge – 816 gegen eine Streitmacht, die nur halb so groß war wie er (etwa 6.000 bis 3.500).Die Zahl der Opfer der Gewerkschaft betrug 1.002, wobei ein hoher Prozentsatz Gefangene waren.Nach den beiden Niederlagen bei Cross Keys und Port Republic zogen sich die Unionsarmeen zurück und überließen Jackson die Kontrolle über das obere und mittlere Shenandoah Valley und befreiten seine Armee, um Robert E. Lee vor Richmond in den Sieben-Tage-Schlachten zu verstärken.