বাইজেন্টাইন আমলে (৩৯০ খ্রিস্টাব্দ থেকে শুরু করে), পূর্বে রোমান সাম্রাজ্যের অংশ ছিল বাইজেন্টাইন শাসনের অধীনে খ্রিস্টান ধর্মের আধিপত্য।^[১২৩] সন্ন্যাসীরা তাদের বসতির কাছাকাছি মঠ স্থাপন করে স্থানীয় পৌত্তলিকদের ধর্মান্তরিত করার ক্ষেত্রেও ভূমিকা পালন করেন।^[124]ফিলিস্তিনের ইহুদি সম্প্রদায় পতনের সম্মুখীন হয়, চতুর্থ শতাব্দীতে তাদের সংখ্যাগরিষ্ঠ মর্যাদা হারায়।^[১২৫] ইহুদিদের উপর নিষেধাজ্ঞা আরো বেড়ে যায়, যার মধ্যে নতুন উপাসনালয় নির্মাণ, পাবলিক অফিস রাখা এবং খ্রিস্টান ক্রীতদাসদের মালিকানা নিষিদ্ধ করা হয়।^[126] নাসি অফিস এবং সানহেড্রিন সহ ইহুদি নেতৃত্ব 425 সালে বিলুপ্ত হয়ে যায়, যার পরে ব্যাবিলোনিয়াতে ইহুদি কেন্দ্রটি বিশিষ্টতা লাভ করে।^[123]5ম এবং 6ষ্ঠ শতাব্দীতে বাইজেন্টাইন শাসনের বিরুদ্ধে সামেরিটান বিদ্রোহ দেখা যায়, যেগুলিকে দমন করা হয়েছিল, সামারিটান প্রভাবকে হ্রাস করে এবং খ্রিস্টান আধিপত্যকে শক্তিশালী করে।^[১২৭] এই সময়ের মধ্যে খ্রিস্টধর্মে ইহুদি এবং সামারিটান ধর্মান্তরিত হওয়ার রেকর্ড সীমিত এবং বেশিরভাগই সম্প্রদায়ের পরিবর্তে ব্যক্তিদের সাথে সম্পর্কিত।^[128]611 সালে, ইহুদি বাহিনীর সহায়তায় সাসানিদ পারস্যের খসরো দ্বিতীয় জেরুজালেম আক্রমণ করে এবং দখল করে।^{[ 129 ]} ক্যাপচার "ট্রু ক্রস" এর জব্দ অন্তর্ভুক্ত.নেহেমিয়া বেন হুশিয়েলকে জেরুজালেমের গভর্নর নিযুক্ত করা হয়েছিল।628 সালে, বাইজেন্টাইনদের সাথে একটি শান্তি চুক্তির পর, দ্বিতীয় কাভাদ ফিলিস্তিন এবং ট্রু ক্রস বাইজেন্টাইনদের কাছে ফিরিয়ে দেন।এটি হেরাক্লিয়াস দ্বারা গ্যালিলি এবং জেরুজালেমে ইহুদিদের গণহত্যার দিকে পরিচালিত করেছিল, যিনি জেরুজালেমে ইহুদিদের প্রবেশের উপর নিষেধাজ্ঞাও পুনর্নবীকরণ করেছিলেন।^[১৩০]