Отношенията на Иван Иванович с баща му започват да се влошават по време на по-късните етапи на Ливонската война.Ядосан на баща си за военните му неуспехи, Иван поиска да му бъде дадено командване на някои войски, които да освободят обсадения Псков.Отношенията им се влошават още повече, когато на 15 ноември 1581 г. царят, след като вижда бременната си снаха, облечена в нетрадиционно леки дрехи, я напада физически.В пристъп на гняв Иван убива най-големия си син и наследник, Иван Иванович, и нероденото дете на последния, което оставя по-малкия му син, политически неефективния Феодор Иванович, да наследи трона, човек, чието управление директно доведе до края на династията на Рюриковите и началото на Смутното време.