Смъртта на бездетния Феодор на 7 януари 1598 г., както и слуховете за убийството на много по-малкия брат на Феодор Димитрий доведоха Борис до идването на власт.Изборът му беше предложен от Московския патриарх Йов, който смяташе, че Борис е единственият човек, способен да се справи с трудностите на ситуацията.Борис обаче ще приеме трона само от Земския събор (национално събрание), който се събира на 17 февруари и го избира единодушно на 21 февруари.На 1 септември той е тържествено коронясан за цар.Той признава необходимостта Русия да догони интелектуалния напредък на Запада и направи всичко възможно, за да осъществи образователни и социални реформи.Той беше първият цар, който внесе масово чуждестранни учители, първият, който изпрати млади руснаци в чужбина, за да се образоват, и първият, който позволи да се строят лутерански църкви в Русия.