Гражданската война между династиите Lê-Trịnh и Mạc завършва през 1592 г., когато армията на Trịnh Tùng завладява Ханой и екзекутира крал Mạc Mậu Hợp.Оцелелите от кралското семейство Mạc избягали в северните планини в провинция Cao Bằng и продължили да управляват там до 1677 г., когато Trịnh Tạc завладял тази последна територия на Mạc.Монарсите Lê, от възстановяването на Nguyễn Kim, действат само като фигури.След падането на династията Mạc, цялата реална власт на север принадлежи на лордовете Trịnh.Междувременно дворът на Минг неохотно решава за военна намеса във виетнамската гражданска война, но Mạc Đăng Dung предлага ритуално подчинение на империята Минг , което е прието.През 1600 г. Nguyễn Hoàng също се обявява за господар (официално "Vương") и отказва да изпрати повече пари или войници в помощ на Trịnh.Той също премества столицата си в Phú Xuân, съвременен Huế.Trịnh Tráng наследява Trịnh Tùng, баща му, след смъртта му през 1623 г. Trang нарежда на Nguyễn Phúc Nguyên да се подчини на неговата власт.Поръчката е отказана два пъти.През 1627 г. Trịnh Tráng изпраща 150 000 войници на юг в една неуспешна военна кампания.Trịnh бяха много по-силни, с по-голямо население, икономика и армия, но не успяха да победят Nguyễn, които бяха построили две защитни каменни стени и инвестираха в португалска артилерия.Войната Trịnh-Nguyễn продължава от 1627 до 1672 г. Армията на Trịnh организира най-малко седем офанзиви, всички от които не успяват да превземат Phú Xuân.За известно време, започвайки през 1651 г., самите Nguyễn преминават в настъпление и атакуват части от територията на Trịnh.Въпреки това, Trịnh, под нов лидер, Trịnh Tạc, принуди Nguyễn да се върне до 1655 г. След една последна офанзива през 1672 г., Trịnh Tạc се съгласи на примирие с лорд Nguyễn Nguyễn Phúc Tần.Страната беше фактически разделена на две.Войната Trịnh–Nguyễn даде възможност на европейските търговци да подкрепят всяка страна с оръжия и технологии: португалците помагаха на Nguyễn на юг, докато холандците помагаха на Trịnh на север.Trịnh и Nguyễn поддържат относителен мир през следващите сто години, през които и двете страни постигат значителни постижения.Trịnh създаде централизирани правителствени служби, отговарящи за държавния бюджет и производството на валута, обедини единиците за тегло в десетична система, създаде печатници, за да намали необходимостта от внос на печатни материали от Китай, отвори военна академия и състави исторически книги.Междувременно владетелите на Nguyễn продължиха експанзията на юг чрез завладяването на оставащата земя на Cham.Виетски заселници също пристигнаха в слабо населената област, известна като "Вода Ченла", която беше част от долната част на делтата на Меконг на бившата Кхмерска империя .Между средата на 17-ти век и средата на 18-ти век, когато бившата Кхмерска империя е отслабена от вътрешни борби и сиамски нашествия, лордовете Nguyễn използват различни средства, политически бракове, дипломатически натиск, политически и военни услуги, за да спечелят района около днешния -ден Сайгон и делтата на Меконг.Армията на Nguyễn понякога също се сблъсква със сиамската армия, за да установи влияние върху бившата кхмерска империя.