На изборите през 1997 г. консервативната партия си осигури значително мнозинство, което им позволи да променят конституцията, за да намалят проверките и балансите върху властта на министър-председателя.Наваз Шариф се сблъска с институционални предизвикателства от ключови фигури като президента Фарук Легари, председателя на Комитета на началник-щабовете генерал Джехангир Карамат, началника на военноморския щаб адмирал Фасих Бохарие и главния съдия Саджад Али Шах.Шариф успешно се противопостави на тези предизвикателства, което доведе до оставките на четиримата, като главният съдия Шах се оттегли, след като Върховният съд беше щурмуван от поддръжниците на Шариф.Напрежението с Индия ескалира през 1998 г. след индийски ядрени опити (Операция Шакти).В отговор Шариф свика заседание на комисията по отбрана на кабинета и впоследствие нареди собствените ядрени опити на Пакистан в хълмовете Чагай.Това действие, макар и международно осъдено, беше популярно в страната и повиши военната готовност по индийската граница.Силният отговор на Шариф на международната критика след ядрените опити включваше осъждане на Индия за разпространение на ядрени оръжия и критика на Съединените щати за историческото им използване на ядрени оръжия вЯпония :Светът, вместо да окаже натиск върху [Индия]... да не тръгне по разрушителния път... наложи всякакви санкции на [Пакистан] без нейна вина...!Ако Япония разполагаше със собствен ядрен капацитет...[градовете]...Хирошима и Нагасаки нямаше да претърпят атомно унищожение в ръцете на... Съединените щатиПод негово ръководство Пакистан стана седмата декларирана държава с ядрено оръжие и първата в мюсюлманския свят.В допълнение към ядреното развитие, правителството на Шариф прилага екологични политики, като създава Пакистанската агенция за опазване на околната среда.Продължавайки културната политика на Бхуто, Шариф разреши известен достъп до индийските медии, отбелязвайки лека промяна в медийната политика.