Президентството на Первез Мушараф от 1999 г. до 2007 г. бележи първия път, когато либералните сили държат значителна власт в Пакистан.Бяха въведени инициативи за икономическа либерализация, приватизация и свобода на медиите, като изпълнителният директор на Citibank Шаукат Азис пое контрола върху икономиката.Правителството на Мушараф даде амнистия на политически работници от либералните партии, като остави настрана консерваторите и левите.Мушараф значително разшири частните медии, целяйки да противодейства на културното влияние на Индия.Върховният съд нареди общи избори до октомври 2002 г. и Мушараф одобри американската инвазия в Афганистан през 2001 г. Напрежението с Индия за Кашмир доведе до военно противопоставяне през 2002 г.Референдумът на Мушараф от 2002 г., смятан за спорен, удължи президентския му мандат.На общите избори през 2002 г. либералите и центристите спечелиха мнозинство, сформирайки правителство с подкрепата на Мушараф.17-ата поправка на конституцията на Пакистан узакони със задна дата действията на Мушараф и удължи мандата му на президентство.Шаукат Азис стана министър-председател през 2004 г., като се фокусира върху икономическия растеж, но се сблъска с опозиция за социални реформи.Мушараф и Азиз оцеляха при няколко опита за убийство, свързани с Ал Кайда.В международен план твърденията за разпространение на ядрени оръжия опетниха доверието в тях.Вътрешните предизвикателства включват конфликти в племенни райони и примирие с талибаните през 2006 г., въпреки че религиозното насилие продължава.