През 1999 г. Пакистан претърпя безкръвен военен преврат, воден от генерал Первез Мушараф и военния щаб на щаба на Обединения щаб.На 12 октомври те поеха контрола от гражданското правителство на премиера Наваз Шариф.Два дни по-късно Мушараф, като главен изпълнителен директор, спорно суспендира конституцията на Пакистан.Превратът беше предизвикан от ескалиращото напрежение между администрацията на Шариф и военните, особено с генерал Мушараф.Опитът на Шариф да замени Мушараф с генерал-лейтенант Зиаудин Бът като началник на армията беше посрещнат със съпротива от страна на висши военни и доведе до задържането на Бът.Изпълнението на преврата беше бързо.В рамките на 17 часа военни командири превзеха ключови държавни институции, поставяйки Шариф и администрацията му, включително брат му, под домашен арест.Военните също поеха контрола върху критичната комуникационна инфраструктура.Върховният съд на Пакистан, ръководен от главния съдия Иршад Хасан Хан, утвърди военното положение съгласно "доктрината на необходимостта", но ограничи продължителността му до три години.Шариф беше съден и осъден за застрашаване на живота на борда на самолет, превозващ Мушараф, решение, което предизвика полемика.През декември 2000 г. Мушараф неочаквано помилва Шариф, който след това отлетя за Саудитска Арабия.През 2001 г. Мушараф стана президент, след като принуди президента Рафик Тарар да подаде оставка.Национален референдум през април 2002 г., критикуван като измама от мнозина, удължи управлението на Мушараф.Общите избори през 2002 г. видяха връщане към демокрацията, като PML(Q) на Мушараф формира правителство на малцинството.