По време на войната в Босна и Хърватия от 1991–1995 г. Черна гора участва със своите полицейски и военни сили в атаките срещу Дубровник, Хърватия и босненски градове заедно със сръбските войски, агресивни действия, насочени към придобиване на повече територии със сила, характеризиращи се с последователен модел на груби и системни нарушения на човешките права.Оттогава черногорският генерал Павле Стругар е осъден за участието си в бомбардировките на Дубровник.Босненските бежанци са арестувани от черногорската полиция и транспортирани до сръбски лагери във Фоча, където са подложени на систематични мъчения и екзекутирани.През май 1992 г. ООН наложи ембарго на СРЮ: това засегна много аспекти от живота в страната.Поради благоприятното си географско местоположение (достъп до Адриатическо море и водна връзка с Албания през Скадарското езеро) Черна гора се превърна в център за контрабандна дейност.Цялото промишлено производство в Черна гора е спряло и основната икономическа дейност на републиката става контрабандата на потребителски стоки - особено на дефицитни като бензин и цигари, чиито цени рязко скочиха.Това стана де факто легализирана практика и продължи с години.В най-добрия случай черногорското правителство си затваряше очите за незаконната дейност, но най-вече взе активно участие в нея.Контрабандата направи милионери от всякакви сенчести лица, включително висши държавни служители.Мило Джуканович продължава да се изправя пред различни италиански съдилища за ролята си в широко разпространената контрабанда през 90-те години на миналия век и в осигуряването на убежище в Черна гора за различни фигури от италианската мафия, за които се твърди, че са участвали във веригата за разпространение на контрабанда.