Султанатът Перак е създаден в началото на 16 век на брега на река Перак от Музафар Шах I, най-големият син на Махмуд Шах, 8-ми султан на Малака.След превземането на Малака от португалците през 1511 г., Музафар Шах търси убежище в Сиак, Суматра, преди да се възкачи на трона в Перак.Неговото създаване на султаната Перак беше улеснено от местни лидери, включително Тун Сабан.При новия султанат администрацията на Перак става по-организирана, черпейки от феодалната система, практикувана в демократичната Малака.С напредването на 16 век Перак се превръща в основен източник на калаена руда, привличайки регионални и международни търговци.Възходът на султаната обаче привлече вниманието на мощния султанат на Ачех , което доведе до период на напрежение и взаимодействия.През 1570-те години Ачех упорито тормози части от Малайския полуостров.До края на 1570-те години влиянието на Ачех е очевидно, когато султанът на Перак Мансур Шах I мистериозно изчезва, подхранвайки спекулациите за неговото отвличане от силите на Ачех.Това доведе до отвеждането на семейството на султана в плен на Суматра.В резултат на това Перак беше за кратко под властта на Ачех, когато принц на Ачех се възкачи на трона на Перак като султан Ахмад Таджудин Шах.И все пак, въпреки влиянието на Ачех, Перак остава автономен, съпротивлявайки се на контрола както от Ачех, така и от Сиам.Влиянието на Аче над Перак започва да намалява с пристигането на Холандската източноиндийска компания (VOC) в средата на 17 век.Ачех и VOC се бориха за контрол над доходоносната търговия с калай на Перак.До 1653 г. те постигат компромис, подписвайки договор, който предоставя на холандците изключителни права върху калай на Перак.До края на 17-ти век, с упадъка на Джохорския султанат, Перак се очертава като последният наследник на малаканското родословие, но е изправен пред вътрешни борби, включително 40-годишна гражданска война през 18-ти век заради приходите от калай.Тези вълнения кулминират в договор от 1747 г. с холандците, признаващ техния монопол върху търговията с калай.