Холандска Малака (1641–1825) е най-дългият период, през който Малака е била под чужд контрол.Холандците управляваха почти 183 години с периодична британска окупация по време на Наполеоновите войни (1795–1815).Тази епоха видя относителен мир с малко сериозно прекъсване от страна на малайските султанати поради разбирателството, изковано между холандците и султаната на Джохор през 1606 г. Това време също бележи спада на значението на Малака.Холандците предпочетоха Батавия (днешна Джакарта) като техен икономически и административен център в региона и тяхното владение в Малака трябваше да предотврати загубата на града от други европейски сили и впоследствие конкуренцията, която щеше да дойде с него.Така през 17-ти век, когато Малака престана да бъде важно пристанище, султанатът Джохор стана доминиращата местна сила в региона поради отварянето на своите пристанища и съюза с холандците.