Последният султан от малаканската династия, султан Махмуд Шах II, беше известен с непостоянното си поведение, което до голяма степен остана неконтролирано след смъртта на Бендехара Хабиб и последвалото назначаване на Бендахара Абдул Джалил.Кулминацията на това поведение е, че султанът нарежда екзекуцията на бременната съпруга на благородник за незначително нарушение.Като отмъщение султанът е убит от потърпевшия благородник, оставяйки трона празен през 1699 г. Оранг Каяс, съветници на султана, се обръщат към Са Акар ДиРаджа, Раджа Теменгонг от Муар, който предлага Бендахара Абдул Джалил да наследи трона.Въпреки това наследяването беше посрещнато с известно недоволство, особено от Оранг Лаут.По време на този период на нестабилност две доминиращи групи в Джохор - Бугис и Минангкабау - видяха възможност да притежават власт.Минангкабау представи Раджа Кесил, принц, който твърди, че е посмъртният син на султан Махмуд II.С обещанието за богатство и власт, Bugis първоначално подкрепят Раджа Кесил.Раджа Кечил обаче ги предава и се коронясва за султан на Джохор без тяхното съгласие, което кара предишния султан Абдул Джалил IV да избяга и в крайна сметка да бъде убит.Като отмъщение Бугите обединяват сили с Раджа Сюлейман, син на султан Абдул Джалил IV, което води до детронирането на Раджа Кесил през 1722 г. Докато Раджа Сюлейман се възкачва като султан, той става силно повлиян от Бугите, които на практика управляват Джохор.По време на управлението на султан Сюлейман Бадрул Алам Шах в средата на 18 век, Бугите упражняват значителен контрол върху администрацията на Джохор.Тяхното влияние нарасна толкова значително, че до 1760 г. различни фамилии Бугис се омъжиха за кралската линия на Джохор, което допълнително затвърди господството им.Под тяхно ръководство Джохор преживя икономически растеж, подкрепен от интеграцията на китайски търговци.Въпреки това, до края на 18 век Енгкау Муда от фракцията на Теменгонг започва да си възвръща властта, полагайки основата за бъдещия просперитет на султаната под ръководството на Теменгонг Абдул Рахман и неговите потомци.