Между 1258 и 1291 г. регионът е изправен пред смут като граница между монголските нашественици , от време на време в съюз с кръстоносците , имамелюците наЕгипет .Този конфликт доведе до значително намаляване на населението и икономически затруднения.Мамелюците са били предимно от турски произход и са били купувани като деца и след това обучавани на война.Те били високо ценени воини, които давали на владетелите независимост от местната аристокрация.В Египет те поеха контрола над кралството след неуспешна инвазия на кръстоносците (Седми кръстоносен поход).Мамелюците поеха контрола в Египет и разшириха управлението си в Палестина.Първият мамелюкски султан, Кутуз, побеждава монголите в битката при Айн Джалут, но е убит от Байбарс, който го наследява и елиминира повечето аванпостове на кръстоносците.Мамелюците управляват Палестина до 1516 г., считайки я за част от Сирия.В Хеврон евреите са изправени пред ограничения в Пещерата на патриарсите, важно място в юдаизма, ограничение, което продължава до Шестдневната война.^[146]Ал-Ашраф Халил, мамелюкски султан, превзема последната крепост на кръстоносците през 1291 г. Мамелюците, продължавайки политиката на Аюбидите, стратегически унищожават крайбрежните региони от Тир до Газа, за да предотвратят потенциални морски атаки на кръстоносците.Това опустошение доведе до дългосрочно обезлюдяване и икономически упадък в тези райони.^[147]Еврейската общност в Палестина видя подмладяване с притока на сефарадски евреи след експулсирането им отИспания през 1492 г. и преследването им в Португалия през 1497 г. Под мамелюкското и по-късно османско управление тези сефарадски евреи се заселват предимно в градски райони като Сафед и Йерусалим, за разлика от предимно селска еврейска общност в Мустаарби.^[148]