В края на 11-ти век Хоразмианската династия поема контрола над Ирак.Този период на тюркско светско управление и Абасидския халифат завършва с монголските нашествия през 13 век.^[51] Монголците, водени от Чингис хан, завладяват Хорезмия до 1221 г. Ирак обаче преживява временно отлагане поради смъртта на Чингис хан през 1227 г. и последващите борби за власт в Монголската империя.Möngke Khan, от 1251 г., възобновява монголската експанзия и когато халиф ал-Мустасим отказва монголските искания, Багдад се сблъсква с обсада, водена от Hulagu Khan през 1258 г.Обсадата на Багдад, решаващо събитие в монголските завоевания, продължи 13 дни от 29 януари до 10 февруари 1258 г. Монголските сили на Илханат , заедно със своите съюзници, обсадиха, превзеха и в крайна сметка разграбиха Багдад, столицата на Абасидския халифат по това време .Тази обсада доведе до избиването на повечето от жителите на града, потенциално наброяващи стотици хиляди.Степента на унищожаване на градските библиотеки и тяхното ценно съдържание остава тема на дебат сред историците.Монголските сили екзекутират Ал-Муста'сим и нанасят сериозно обезлюдяване и опустошение на Багдад.Тази обсада символично отбеляза края на ислямския Златен век, период, през който халифите разшириха господството си от Иберийския полуостров до Синд.