Гърците се задържаха в Пелопонес до 1460 г., а венецианците и генуезците се придържаха към някои от островите, но до началото на 16 век цялата континентална Гърция и повечето острови в Егейско море бяха колонизирани от Османската империя , с изключение на няколко все още пристанищни града държани от венецианците (Нафплио, Монемвасия, Парга и Метоне най-важните от тях).Цикладските острови, в средата на Егейско море, са официално анексирани от османците през 1579 г., въпреки че са били под васален статут от 1530 г. насам.Кипър пада през 1571 г. и венецианците задържат Крит до 1669 г. Йонийските острови никога не са били управлявани от османците, с изключение на Кефалония (от 1479 до 1481 г. и от 1485 до 1500 г.) и остават под управлението на Република Венеция .Именно на Йонийските острови се ражда съвременната гръцка държавност със създаването на Републиката на седемте острова през 1800 г.Османска Гърция е била мултиетническо общество.Съвременната западна представа за мултикултурализъм обаче, въпреки че на пръв поглед изглежда съответстваща на системата на миллетите, се смята за несъвместима с османската система.Гърците, от една страна, получиха някои привилегии и свободи;с другата бяха изложени на тирания, произтичаща от злоупотребите на административния персонал, върху който централното правителство имаше само отдалечен и непълен контрол.При пристигането на османците се случват две преселения на гърци.Първата миграция води до мигриране на гръцката интелигенция към Западна Европа и оказва влияние върху настъпването на Ренесанса.Втората миграция включва гърци, които напускат равнините на гръцкия полуостров и се заселват в планините.Системата на просо допринесе за етническото сближаване на православните гърци чрез разделяне на различните народи в рамките на Османската империя въз основа на религията.Гърците, живеещи в равнините по време на османското владичество, са били или християни, които са се справяли с бремето на чуждото управление, или крипто-християни (гръцки мюсюлмани, които са били тайни практикуващи гръцката православна вяра).Някои гърци станаха крипто-християни, за да избегнат тежките данъци и в същото време да изразят своята идентичност, като поддържат връзките си с Гръцката православна църква.Въпреки това, гърците, които са приели исляма и не са били крипто-християни, са били смятани за "турци" (мюсюлмани) в очите на православните гърци, дори и да не са приели турския език.Османците владеят по-голямата част от Гърция до началото на 19 век.Първата самоуправляваща се от Средновековието гръцка държава е създадена по време на Френските революционни войни през 1800 г., 21 години преди избухването на Гръцката революция в континентална Гърция.Това беше Септинсуларната република със столица Корфу.