В началото на 16 век, след османското завладяване на Египет през 1517 г., султан Селим I назначава Юнус паша за управител на Египет, но той скоро е заменен от Хайир бей поради проблеми с корупцията.^[97] Този период бележи борба за власт между османските представители имамелюците , които запазват значително влияние.Мамелюците са включени в административната структура, заемайки ключови позиции в 12-те санджака на Египет.При султан Сюлейман Великолепни бяха създадени Големият и Малкият диван , за да подпомагат пашата, с представителство на армията и религиозните власти.Селим създава шест полка за защита на Египет, към които Сюлейман добавя седми.^[98]Османската администрация често сменя египетския управител, често всяка година.Един управител, Хаин Ахмед паша, се опита да установи независимост, но беше осуетен и екзекутиран.^[98] През 1527 г. в Египет е проведено земно проучване, което категоризира земята в четири типа: владение на султана, феодални земи, земя за военна поддръжка и земя на религиозни фондации.Това проучване е извършено през 1605 г. ^[98]17-ти век в Египет се характеризира с военни бунтове и конфликти, често поради опити за ограничаване на изнудването от страна на войските.През 1609 г. значителен конфликт доведе до триумфалното влизане на Кара Мехмед паша в Кайро, последвано от финансови реформи.^[98] През това време местните мамелюк бейове печелят господство в египетската администрация, често заемайки военни позиции и предизвиквайки назначени от османците управители.^[99] Египетската армия, със силни местни връзки, често оказва влияние върху назначаването на губернатори и има значителен контрол върху администрацията.^[100]Векът също видя възхода на две влиятелни фракции в Египет: факари, свързани с османската кавалерия, и касими, свързани с местните египетски войски.Тези фракции, символизирани от техните различни цветове и символи, значително повлияха на управлението и политиката на Османски Египет.^[101]