Шемяка управлява неефективно, не успява да привлече съюзници и благородството започва да бяга от Москва във Вологда.Василий също успя да се съюзи с казанските татари.В края на 1446 г., когато Дмитрий Шемяка беше във Волоколамск, армията на Василий II влезе в Москва.Тогава Василий започнал да гони Шемяка.През 1447 г. те поискаха мир и се съгласиха да приемат превъзходството на Василий.Въпреки това Дмитрий Шемяка продължава съпротивата, опитвайки се да привлече съюзниците и да събере достатъчно голяма армия, за да се бие срещу Василий.През 1448 г. Василий започва военни действия, които включват предимно северните земи до Велики Устюг и с известни прекъсвания продължават до 1452 г., когато Шемяка е окончателно победен и бяга в Новгород.През 1453 г. той е отровен там по пряка заповед на Василий.Впоследствие Василий успя да отстрани всички местни князе, които преди това подкрепяха Шемяка.Княжество Можайск и Серпухов е включено в състава на Великото московско княжество.