В Куба Движението на 26 юли, водено от младите революционери Фидел Кастро и Че Гевара, завзе властта в Кубинската революция на 1 януари 1959 г., сваляйки президента Фулхенсио Батиста, на чийто непопулярен режим беше отказано оръжие от администрацията на Айзенхауер.Въпреки че първото правителство на Фидел Кастро отказа да категоризира новото си правителство като социалистическо и многократно отричаше, че е комунист, Кастро назначи марксисти на висши държавни и военни позиции.Най-важното е, че Че Гевара става управител на Централната банка и след това министър на индустрията.Дипломатическите отношения между Куба и Съединените щати продължиха известно време след падането на Батиста, но президентът Айзенхауер умишлено напусна столицата, за да избегне среща с Кастро по време на пътуването на последния до Вашингтон през април, оставяйки вицепрезидента Ричард Никсън да проведе срещата вместо него .Куба започва преговори за покупки на оръжие от Източния блок през март 1960 г. През март същата година Айзенхауер одобрява плановете на ЦРУ и финансирането за свалянето на Кастро.През януари 1961 г., точно преди да напусне поста си, Айзенхауер официално прекъсна отношенията си с кубинското правителство.През този април администрацията на новоизбрания американски президент Джон Ф. Кенеди организира неуспешното организирано от ЦРУ корабно нахлуване на острова при Плая Гирон и Плая Ларга в провинция Санта Клара – провал, който публично унижи Съединените щати.Кастро отговори, като публично прегърна марксизма-ленинизма, а Съветският съюз обеща да предостави допълнителна подкрепа.През декември правителството на САЩ започна кампания от терористични атаки срещу кубинския народ и тайни операции и саботаж срещу администрацията в опит да свали кубинското правителство.