Администрацията на Кенеди продължи да търси начини да свали Кастро след инвазията в Залива на прасетата, експериментирайки с различни начини за тайно улесняване на свалянето на кубинското правителство.Значителни надежди се възлагат на програмата за терористични атаки и други дестабилизиращи операции, известни като операция „Мангуза“, разработена от администрацията на Кенеди през 1961 г. Хрушчов научава за проекта през февруари 1962 г. и в отговор са предприети приготовления за инсталиране на съветски ядрени ракети в Куба.Разтревожен, Кенеди обмисля различни реакции.В крайна сметка той отговори на инсталирането на ядрени ракети в Куба с морска блокада и представи ултиматум на Съветския съюз .Хрушчов се отказа от конфронтация и Съветският съюз премахна ракетите в замяна на публичното американско обещание да не нахлува отново в Куба, както и на тайна сделка за премахване на американските ракети от Турция.По-късно Кастро призна, че „бих се съгласил с използването на ядрени оръжия... ние приехме за даденост, че така или иначе ще се превърне в ядрена война и че щяхме да изчезнем“.Кубинската ракетна криза (октомври–ноември 1962 г.) доближи света до ядрена война повече от всякога.Последствията от кризата доведоха до първите усилия в надпреварата в ядрените оръжия за ядрено разоръжаване и подобряване на отношенията, въпреки че първото споразумение за контрол на оръжията от Студената война, Антарктическият договор, влезе в сила през 1961 г.През 1964 г. колегите на Хрушчов от Кремъл успяват да го свалят, но му позволяват спокойно да се пенсионира.Обвинен в грубост и некомпетентност, Джон Луис Гадис твърди, че на Хрушчов също се приписва разрушаването на съветското селско стопанство, довеждайки света до ръба на ядрена война и че Хрушчов се е превърнал в „международен срам“, когато е разрешил изграждането на Берлинската стена.