Нормандският херцог Робърт Гискар от Пулия се подготвя да нахлуе във Византийската империя през 1081 г. под предлог, че защитава наследството на Константин Дука, който е бил сгоден за дъщерята на Робърт Елена;по същото време селджуките превземат град Кизикус.На Алексий е поверена значителна армия, за да победи норманската заплаха, но заговорничи с роднината си Джон Дука вместо това да вземе трона за себе си.Алексий вдигна бунт срещу Никифор и успя бързо да обкръжи Константинопол и да го обсади поради липсата на отбранителна армия.Никеофор не успя да осигури подкрепата нито на селджукските турци, нито на Никифор Мелисенос, неговите традиционни съперници, и по този начин беше принуден да се подготви да абдикира.Никифор решил, че единственият му избор е да абдикира в полза на Мелисен, който бил наблизо в Дамалис в Анатолия, и изпратил пратеници при него през Босфора;тези пратеници обаче бяха прихванати от Георги Палеолог, генерал на Алексий, който ги убеди да подкрепят Алексий.Алексиос и неговите сили пробиха стените на Константинопол на 1 април 1081 г. и разграбиха града;Патриарх Козма убеждава Никифор да абдикира пред Алексий, вместо да продължи гражданската война.След това Никифор избягал в Света София и потърсил убежище вътре в нея.Михаил, логотетът на Алексий, след това придружава Никифор до манастира Перивлепт, където той абдикира и става монах.Той почина по-късно същата година.