През януари 1863 г. армията на Потомак, след битката при Фредериксбърг и унизителния кален марш, страда от нарастващо дезертьорство и падащ морал.Линкълн се опита за пети път с нов генерал на 25 януари 1863 г. - майор.Генерал Джоузеф Хукър, човек със злобна репутация, който се беше представил добре в предишни подчинени командвания.^[56]Хукър се зае с така необходимата реорганизация на армията, премахвайки системата на голямата дивизия на Бърнсайд, която се оказа тромава;той също така вече не разполагаше с достатъчно висши офицери, на които да може да се довери да командват многокорпусни операции.^[57] Той организира кавалерията в отделен корпус под командването на бриг.Ген. Джордж Стоунман.Но докато концентрира кавалерията в една организация, той разпръсна своите артилерийски батальони под контрола на командирите на пехотните дивизии, премахвайки координиращото влияние на началника на артилерията на армията, Бриг.Ген. Хенри Дж. Хънт.Сред неговите промени бяха корекции на ежедневната диета на войските, санитарни промени в лагера, подобрения и отчетност на интендантската система, добавяне и наблюдение на ротни готвачи, няколко болнични реформи, подобрена система за отпуск, заповеди за спиране на нарастващото дезертьорство, подобрени тренировки и по-силно обучение на офицери.Двете армии се изправят една срещу друга при Фредериксбърг през зимата на 1862–1863 г.Кампанията в Чансълърсвил започва, когато Хукър тайно премества по-голямата част от армията си нагоре по левия бряг на река Рапаханок, след което я пресича сутринта на 27 април 1863 г. Кавалерията на Съюза под командването на генерал-майор Джордж Стоунман започва нападение на дълги разстояния срещу Линии за доставки на Лий приблизително по същото време.Пресичайки река Рапидан през Германа и Фордовете на Ели, федералната пехота се концентрира близо до Чансълърсвил на 30 април. В комбинация със силите на Съюза, изправени срещу Фредериксбърг, Хукър планира двойно обкръжение, атакувайки Лий отпред и отзад.На 1 май Хукър напредна от Чансълърсвил към Лий, но генералът на Конфедерацията раздели армията си пред лицето на превъзходните числености, оставяйки малка сила във Фредериксбърг, за да възпре генерал-майор Джон Седжуик от напредване, докато той атакува настъплението на Хукър с около четирима - пети от армията му.Въпреки възраженията на подчинените си, Хукър изтегля хората си към отбранителните линии около Чансълърсвил, отстъпвайки инициативата на Лий.На 2 май Лий отново разделя армията си, изпращайки целия корпус на Стоунуол Джаксън на флангов марш, който разбива XI корпус на Съюза.Най-ожесточените боеве в битката – и вторият най-кървав ден от Гражданската война – се случват на 3 май, когато Лий започва множество атаки срещу позицията на Съюза при Чансълърсвил, което води до тежки загуби от двете страни и оттеглянето на основната армия на Хукър.Същият ден Седжуик напредва през река Рапаханок, побеждава малките сили на Конфедерацията при Височините на Мери във Втората битка при Фредериксбърг и след това се премества на запад.Конфедератите се бориха успешно със забавяне на битката при църквата Салем.На 4-ти Лий обръща гръб на Хукър и атакува Седжуик, и го връща обратно към форда на Банкс, заобикаляйки ги от три страни.Седжуик се оттегли през брода рано на 5 май. Лий се обърна обратно, за да се изправи срещу Хукър, който изтегли остатъка от армията си през американския Форд в нощта на 5 срещу 6 май.Чансълърсвил е известен като „перфектната битка“ на Лий ^[58] , защото рискованото му решение да раздели армията си в присъствието на много по-голяма вражеска сила доведе до значителна победа на Конфедерацията.Победата, продукт на дързостта на Лий и плахото вземане на решение от страна на Хукър, е смекчена от тежки жертви, включително генерал-лейтенант Томас Дж. "Стоунуол" Джаксън.Джаксън беше ударен от приятелски огън, което наложи лявата му ръка да бъде ампутирана.Той почина от пневмония осем дни по-късно, загуба, която Лий оприличи на загуба на дясната си ръка.