Прыкладна ў гэты час ён накіраваў ліст папе Інакенцію III, заклікаючы яго накіраваць пасла ў Балгарыю .Ён хацеў пераканаць папу прызнаць яго ўладу ў Балгарыі.Інакенцій ахвотна ўступіў у перапіску з Калоянам, таму што ўз'яднанне хрысціянскіх канфесій пад яго ўладай было адной з яго галоўных мэтаў.Пасланец Інакенція III прыбыў у Балгарыю ў канцы снежня 1199 г., прывёзшы ліст ад папы Калояну.Інакенцій заявіў, што яму паведамілі, што продкі Калояна прыйшлі «з горада Рыма».Адказ Калаяна, напісаны на стараславянскай мове, не захаваўся, але яго змест можна аднавіць па яго пазнейшай перапісцы са Святым Пасадам.Калоян называў сябе «імператарам балгараў і влахаў» і сцвярджаў, што ён з'яўляецца законным пераемнікам кіраўнікоў Першага Балгарскага царства .Ён запатрабаваў ад Папы імператарскай кароны і выказаў жаданне перадаць Балгарскую Праваслаўную Царкву пад юрысдыкцыю Папы.Згодна з лістом Калаяна да папы, Аляксей III таксама быў гатовы паслаць яму імператарскую карону і прызнаць аўтакефальны (або аўтаномны) статус Балгарскай царквы.