Крыжакі пачалі пакідаць Канстанцінопаль у канцы красавіка 1097 г. Першым у Нікею прыбыў Годфрыд Бульонскі, а за ім рушылі Баэмунд Тарэнтскі, пляменнік Баэмунда Танкрэд, Раймунд IV Тулузскі і Роберт II Фландрскі, а таксама Пётр I. Пустэльнік і некаторыя з тых, хто выжыў падчас Народнага крыжовага паходу, а таксама невялікія
візантыйскія сілы пад камандаваннем Мануэля Бутуміта.Яны прыбылі 6 мая з сур'ёзным недахопам ежы, але Баэмунд арганізаваў дастаўку ежы па сушы і па моры.Яны ўвялі горад у аблогу, пачынаючы з 14 мая, размяркоўваючы свае сілы на розных участках сцен, якія былі добра абаронены 200 вежамі.Баэмунд размясціўся лагерам на паўночным баку горада, Годфры - на паўднёвым, а Раймон і Адемар з Ле-Пюі - на ўсходняй браме.16 мая турэцкія абаронцы рушылі ў атаку на крыжакоў, але
туркі пацярпелі паразу ў сутычцы са стратамі 200 чалавек.Туркі паслалі Кілідж Арслану пасланні з просьбай вярнуцца, і калі ён зразумеў сілу крыжакоў, хутка вярнуўся назад.Перадавы атрад быў разбіты войскамі пад камандаваннем Раймунда і Роберта II Фландрскіх 20 мая, а 21 мая армія крыжакоў разграміла Кілідж у жорсткай бітве, якая доўжылася да ночы.Страты былі значныя з абодвух бакоў, але ў рэшце рэшт султан адступіў, нягледзячы на просьбы нікейскіх турак.Астатнія крыжакі прыбылі на працягу астатняй часткі мая, а Роберт Куртоз і Стэфан Блуа прыбылі ў пачатку чэрвеня.Тым часам Райманд і Адхемар пабудавалі вялікую асадную машыну, якую падкацілі да вежы Ганатас, каб змагацца з абаронцамі на сценах, пакуль шахцёры замініравалі вежу знізу.Вежа была пашкоджана, але далейшага прагрэсу не было.Візантыйскі імператар Аляксей I вырашыў не суправаджаць крыжакоў, а рушыў за імі і разбіў лагер у суседнім Пелекане.Адтуль ён адправіў лодкі, якія каталіся па зямлі, каб дапамагчы крыжакам блакаваць Асканіева возера, якое да гэтага моманту выкарыстоўвалася туркамі для забеспячэння Нікеі прадуктамі.Лодкі прыбылі 17 чэрвеня пад камандаваннем Мануэля Бутуміта.Таксама быў накіраваны генерал Тацікіёс з 2000 пешых салдат.Алексій даручыў Бутуміту таемна весці перамовы аб здачы горада без ведама крыжакоў.Тацікію было даручана далучыцца да крыжакоў і здзейсніць прамы штурм сцен, а Бутуміт будзе рабіць выгляд, што робіць тое ж самае, каб выглядаць так, быццам візантыйцы захапілі горад у бітве.Гэта было зроблена, і 19 чэрвеня туркі капітулявалі перад Бутумітам.Калі крыжакі даведаліся, што зрабіў Аляксей, яны былі вельмі раззлаваныя, бо спадзяваліся разрабаваць горад за грошы і прыпасы.Аднак Бутуміт быў названы герцагом Нікеі і забараніў крыжакам уваходзіць групамі больш за 10 чалавек адначасова.Бутуміт таксама выгнаў турэцкіх генералаў, якіх ён лічыў гэтак жа нядобранадзейнымі.Сям'я Кіліджа Арслана адправілася ў Канстанцінопаль і ў выніку была вызвалена без выкупу.Алексій даў крыжакам грошы, коней і іншыя падарункі, але крыжакі не былі гэтым задаволеныя, мяркуючы, што маглі б атрымаць яшчэ больш, калі б самі захапілі Нікею.Бутуміты не дазволілі ім сысці, пакуль усе яны не прынеслі прысягу васальнай залежнасці Аляксію, калі яны яшчэ не зрабілі гэтага ў Канстанцінопалі.Як і ў Канстанцінопалі, Танкрэд спачатку адмовіўся, але ў рэшце рэшт саступіў.Крыжакі пакінулі Нікею 26 чэрвеня двума кантынгентамі: Баэмунд, Танкрэд, Роберт II Фландрскі і Тацікіёс у авангардзе, і Годфры, Балдуін Булонскі, Стэфан і Гуга Вермандуа ў тыле.Татыкію было даручана забяспечыць вяртанне імперыі захопленых гарадоў.Іх настрой быў прыўзняты, і Стывен напісаў сваёй жонцы Адэле, што яны чакаюць быць у Ерусаліме праз пяць тыдняў.