1547-1549-cu illərdə Tounqolarla müharibədən sonra Ayutthaya kralı Maha Çakkraphat birmalarla sonrakı müharibəyə hazırlıq məqsədilə paytaxt şəhərinin müdafiəsini qurdu.1547-49-cu illər müharibəsi Siamın müdafiə qələbəsi ilə başa çatdı və Siamın müstəqilliyini qorudu.Bununla belə, Bayinnaunqun ərazi ambisiyaları Çakkraphatı başqa bir işğala hazırlaşmağa sövq etdi.Bu hazırlıqlara bütün qabiliyyətli kişiləri müharibəyə hazırlayan siyahıyaalma daxildir.Silahlar və mal-qara hökumət tərəfindən genişmiqyaslı müharibə səylərinə hazırlıq üçün götürüldü və uğurlar üçün yeddi ağ fil Çakkraphat tərəfindən tutuldu.Ayutthayan padşahının hazırlığı xəbəri sürətlə yayıldı və nəticədə birmalılara çatdı.Bayinnaung 1556-cı ildə yaxınlıqdakı Lan Na krallığının Chiang Mai şəhərini ələ keçirməyə müvəffəq oldu. Sonrakı səylər Siamın şimal hissəsinin əksəriyyətini Birma nəzarəti altında buraxdı.Bu, Çakkrafatın səltənətini təhlükəli vəziyyətdə qoydu, şimalda və qərbdə düşmən ərazisi ilə üzləşdi.Bayinnaung daha sonra yüksələn Tounqo sülaləsinə xərac olaraq Kral Çakkrafatın ağ fillərindən ikisini tələb etdi.Çakkraphat imtina etdi, bu da Birmanın Ayutthaya Krallığına ikinci işğalına səbəb oldu.Bayinnaunq qoşunları Ayutthaya doğru irəlilədilər.Orada, limanda üç Portuqaliya döyüş gəmisi və artilleriya batareyalarının köməyi ilə Siam qalası tərəfindən həftələrlə körfəzdə saxlanıldılar.İşğalçılar nəhayət, 7 fevral 1564-cü ildə Portuqaliya gəmilərini və batareyalarını ələ keçirdilər, bundan sonra qala dərhal yıxıldı.^[43] Hazırda Phitsanulok ordusu ilə birləşən 60.000 güclü qüvvə ilə Bayinnaung şəhəri güclü bombardman edərək Ayutthaya şəhər divarlarına çatdı.Qüvvət baxımından üstün olsalar da, birmalılar Ayutthayanı ələ keçirə bilmədilər, lakin sülh danışıqları üçün siam kralından atəşkəs bayrağı altında şəhərdən çıxmasını tələb etdilər.Vətəndaşlarının mühasirəyə daha çox davam edə bilməyəcəyini görən Çakkraphat sülh danışıqları apardı, lakin baha qiymətə.Birma ordusunun geri çəkilməsi müqabilində Bayinnaung Şahzadə Ramesuanı (Çakkrafatın oğlu), Phraya Chakri və Phraya Sunthorn Sonqkhramı girov olaraq özü ilə birlikdə Birmaya və dörd ağ Siam filini götürdü.Mahathamraca, xəyanətkar olsa da, Phitsanulok hökmdarı və Siamın canişini olaraq buraxılmalı idi.Ayutthaya Krallığı Tounqu sülaləsinin vassalı oldu və birmalara hər il otuz fil və üç yüz pişik gümüş verməli idi.