2020-ci ilin mart ayında, siyasi çaxnaşma şəraitində, Mahathir Mohamadın qəfil istefasından sonra Muhyiddin Yassin Malayziyanın səkkizinci Baş naziri təyin edildi.O, yeni Perikatan Milli koalisiya hökumətinə rəhbərlik edib.Vəzifəyə gəldikdən qısa müddət sonra, COVID-19 pandemiyası Malayziyaya vurdu və Muhyiddin onun yayılmasının qarşısını almaq üçün 2020-ci ilin mart ayında Malayziya hərəkətinə nəzarət əmrini (MCO) tətbiq etməyə məcbur etdi.Bu dövrdə həm də keçmiş Baş nazir Nəcib Razakın 2020-ci ilin iyulunda korrupsiya ittihamı ilə məhkum edilməsi, Malayziyanın baş nazirinin ilk dəfə belə bir məhkumluqla üzləşməsi oldu.2021-ci il Muhyiddin administrasiyası üçün əlavə problemlər gətirdi.Yanvar ayında Yang di-Pertuan Aqonq milli fövqəladə vəziyyət elan etdi, parlament iclaslarını və seçkiləri dayandırdı və davam edən pandemiya və siyasi qeyri-sabitlik səbəbindən hökumətə qanunvericilik təsdiqi olmadan qanunlar qəbul etməyə icazə verdi.Bu çətinliklərə baxmayaraq, hökumət fevral ayında milli COVID-19 peyvəndi proqramını həyata keçirdi.Lakin mart ayında Şimali Koreyalı iş adamının ABŞ-a ekstradisiya şikayəti Kuala Lumpur Ali Məhkəməsi tərəfindən rədd edildikdən sonra Malayziya ilə Şimali Koreya arasında diplomatik əlaqələr kəsilib.2021-ci ilin avqust ayına qədər siyasi və sağlamlıq böhranları gücləndi, Muhyiddin hökumətin pandemiya və iqtisadi tənəzzüllə mübarizə aparması üçün geniş tənqidlərlə üzləşdi.Bu, onun parlamentdəki əksəriyyətin dəstəyini itirməsi ilə nəticələndi.Nəticədə, Muhyiddin 16 avqust 2021-ci ildə Baş nazir vəzifəsindən istefa verdi. İstefasından sonra, Yang di-Pertuan Aqonq tərəfindən uyğun varis seçilənə qədər müvəqqəti Baş nazir təyin edildi.