İşğal zamanı etnik gərginliklər yüksəldi, millətçilik gücləndi.^[82] İngiltərə müflis oldu və yeni Leyboristlər hökuməti öz qüvvələrini Şərqdən çıxarmaq niyyətində idi.Lakin malaylıların əksəriyyəti ingilislərdən müstəqillik tələb etməkdənsə, MCP-yə qarşı özlərini müdafiə etməklə daha çox maraqlanırdılar.1944-cü ildə İngilislər, Federativ və Unfederasiyalı Malay Dövlətlərini, üstəgəl Penanq və Malakkanı (lakin Sinqapuru deyil) müstəqillik məqsədi ilə vahid Tac koloniyasına çevirəcək Malaya İttifaqı üçün planlar hazırladılar.Sonuncu müstəqilliyi hədəfləyən bu hərəkət, ilk növbədə, etnik çinlilər və digər azlıqlar üçün təklif olunan bərabər vətəndaşlıq səbəbiylə Malayziyaların əhəmiyyətli müqaviməti ilə qarşılaşdı.İngilislər bu qrupları müharibə zamanı malayiyalılardan daha sadiq hesab edirdilər.Bu müxalifət 1948-ci ildə Malayya İttifaqının dağılmasına səbəb oldu və yerini Malayya Federasiyasına verdi və Malay əyaləti hökmdarlarının muxtariyyətini Britaniya himayəsində saxladı.Bu siyasi dəyişikliklərə paralel olaraq, ilk növbədə etnik çinlilərin dəstəklədiyi Malaya Kommunist Partiyası (MCP) güc qazanırdı.Əvvəlcə qanuni bir partiya olan MCP, İngilisləri Malayadan qovmaq istəkləri ilə partizan müharibəsinə keçdi.1948-ci ilin iyul ayına qədər Britaniya hökuməti fövqəladə vəziyyət elan etdi və bu, MCP-ni cəngəlliyə çəkilməyə və Malaya Xalq Azadlıq Ordusunu yaratmağa sövq etdi.Bu münaqişənin kök səbəbləri etnik çinliləri marjinallaşdıran konstitusiya dəyişikliklərindən tutmuş əkinlərin inkişafı üçün kəndlilərin köçürülməsinə qədər idi.Bununla belə, MCP qlobal kommunist güclərdən minimal dəstək aldı.1948-ci ildən 1960-cı ilə qədər davam edən Malaya Fövqəladə Halında İngilislər MCP-yə qarşı general-leytenant Ser Cerald Templer tərəfindən hazırlanmış müasir əks-üsyan taktikalarından istifadə etdilər.Münaqişə Batanq Kali qətliamı kimi vəhşiliklərin payını görsə də, İngiltərənin MCP-ni dəstək bazasından təcrid etmək strategiyası, iqtisadi və siyasi güzəştlərlə birlikdə üsyançıları tədricən zəiflətdi.1950-ci illərin ortalarında dalğa MCP-nin əleyhinə çevrildi və 31 avqust 1957-ci ildə Tunku Əbdül Rəhmanın ilk baş nazir olması ilə Birlik daxilində Federasiyanın müstəqilliyi üçün zəmin yaratdı.