1511-ci ildə Malakka portuqalların əlinə keçdi və Sultan Mahmud şah Malakkadan qaçmağa məcbur oldu.Sultan paytaxtı geri almaq üçün bir neçə dəfə cəhd etdi, lakin cəhdləri nəticəsiz qaldı.Portuqallar buna cavab olaraq sultanı Pahanga qaçmağa məcbur etdilər.Daha sonra sultan Bintana üzdü və orada yeni paytaxt qurdu.Qurulmuş baza ilə sultan səliqəsiz Malay qüvvələrini topladı və Portuqaliya mövqeyinə qarşı bir neçə hücum və blokada təşkil etdi.Pekan Tua, Sungai Telur, Cohorda yerləşən Cohor Sultanlığı 1528-ci ildə Sultan Alauddin Riyat Şah II (1528-1564) kimi tanınan Raca Əli İbni Sultan Mahmud Melaka tərəfindən təsis edilmişdir ^{[. 53]} Sultan Əlauddin Riyat Şah və onun varisi olmasına baxmayaraq. Malakkada portuqalların və Sumatrada Açehlərin hücumları ilə mübarizə aparmaq məcburiyyətində qaldılar, onlar Johor Sultanlığında öz mövqelərini qoruya bildilər.Malakkaya tez-tez basqınlar Portuqalların ağır çətinliklərinə səbəb oldu və bu, sürgün edilən sultanın qüvvələrini məhv etməyə portuqalları inandırmağa kömək etdi.Malayları sıxışdırmaq üçün bir sıra cəhdlər edildi, lakin 1526-cı ilə qədər portuqallar Bintanı yerlə yeksan etdilər.Sultan daha sonra Sumatradakı Kampara çəkildi və iki il sonra öldü.Ardında Müzəffər şah və II Əlauddin Riyat şah adlı iki oğlu qaldı.^[53] Müzəffər şah Perakı qurmağa davam etdi, Əlauddin Riyat şah Cohorun ilk sultanı oldu.^[53]