Malakkan sülaləsinin son sultanı Sultan II Mahmud şah, Bendehara Həbibin ölümündən və sonra Bendahara Əbdül Cəlilin təyinatından sonra çox nəzarətsiz qalan qeyri-sabit davranışı ilə tanınırdı.Bu davranış Sultanın bir zadəganın hamilə arvadını kiçik bir qanun pozuntusuna görə edam etməyi əmr etməsi ilə nəticələndi.Cavab olaraq, Sultan 1699-cu ildə taxt-tac boş qalaraq, əziyyət çəkən zadəgan tərəfindən öldürüldü. Sultanın məsləhətçiləri olan Orang Kayas, Bendahara Əbdül Cəlilin taxt-taca varis olmasını təklif edən Muarlı Raca Temenggong Sa Akar DiRajaya müraciət etdi.Bununla belə, varislik, xüsusən də Orang Laut tərəfindən bəzi narazılıqla qarşılandı.Bu qeyri-sabitlik dövründə Johorda iki dominant qrup - Bugis və Minangkabau - gücə sahib olmaq üçün bir fürsət gördü.Minangkabau, Sultan II Mahmudun ölümündən sonra oğlu olduğunu iddia edən şahzadə Raca Keçili təqdim etdi.Zənginlik və güc vədi ilə Bugilər əvvəlcə Raca Kecili dəstəklədilər.Lakin Raca Kecil onlara xəyanət etdi və onların razılığı olmadan özünə Cohor sultanı tacını taxdı, nəticədə əvvəlki Sultan IV Əbdül Cəlil qaçdı və nəticədə sui-qəsd edildi.Cavab olaraq, buqilər Sultan IV Əbdül Cəlilin oğlu Raca Süleymanla birləşərək 1722-ci ildə Raca Kecilin taxtdan salınmasına səbəb oldu. Raca Süleyman Sultan rütbəsinə qalxarkən, əslində Cohoru idarə edən Bugilərin güclü təsiri altına düşdü.18-ci əsrin ortalarında Sultan Süleyman Bədrül Aləm şahın hakimiyyəti dövründə Buqilər Cohorun idarəçiliyinə əhəmiyyətli dərəcədə nəzarət edirdilər.Onların təsiri o qədər əhəmiyyətli dərəcədə artdı ki, 1760-cı ilə qədər müxtəlif Bugis ailələri Johor kral nəsli ilə evləndilər və üstünlüklərini daha da möhkəmləndirdilər.Onların rəhbərliyi altında Johor, Çinli treyderlərin inteqrasiyası ilə dəstəklənən iqtisadi artım yaşadı.Bununla belə, 18-ci əsrin sonlarında Temenggong fraksiyasından olan Engkau Muda hakimiyyəti geri almağa başladı və Temenggong Abdul Rahman və onun nəslinin rəhbərliyi altında sultanlığın gələcək çiçəklənməsinin əsasını qoydu.