In 1965, met toenemende spanning en om verdere konflik te voorkom, het Maleisië se eerste minister, Tunku Abdul Rahman, voorgestel dat Singapoer uit Maleisië verdryf word.Hierdie aanbeveling is daarna op 9 Augustus 1965 deur die Maleisiese parlement goedgekeur, met 'n eenparige stem ten gunste van Singapoer se skeiding.Op dieselfde dag het ’n emosionele Lee Kuan Yew, Singapoer se premier, die stadstaat se nuutgevonde onafhanklikheid aangekondig.In teenstelling met die algemene opvatting dat Singapoer eensydig geskors is, onthul onlangse dokumente dat samesprekings tussen die People's Action Party (PAP) van Singapoer en Maleisië se Alliansie sedert Julie 1964 aan die gang was. Lee Kuan Yew en Goh Keng Swee, 'n senior PAP-leier, het georkestreer die skeiding op 'n wyse wat dit as 'n onherroeplike besluit aan die publiek voorgehou het, met die doel om beide polities en ekonomies te bevoordeel.^[16]Na die skeiding het Singapoer grondwetlike wysigings ondergaan wat die stadstaat na die Republiek van Singapoer oorgeplaas het.Yusof Ishak, voorheen die Yang di-Pertuan Negara of vise-koninklike verteenwoordiger, is as die eerste president van Singapoer ingehuldig.Terwyl die Maleisiese en Britse Borneo-dollar vir 'n kort tydperk as die wettige geldeenheid voortgeduur het, is besprekings oor 'n gedeelde geldeenheid tussen Singapoer en Maleisië gevoer voor die uiteindelike bekendstelling van die Singapoer-dollar in 1967. ^[17] In Maleisië het die parlementêre setels voorheen gehou deur Singapoer is hertoegewys na Malaya, wat die balans van mag en invloed wat deur die state van Sabah en Sarawak gehou is, verander het.Die besluit om Singapoer van Maleisië te skei is met sterk reaksies ontvang, veral van leiers in Sabah en Sarawak.Hierdie leiers het gevoelens van verraad en frustrasie uitgespreek omdat hulle nie tydens die skeidingsproses geraadpleeg is nie. Hoofminister van Sabah, Fuad Stephens, het diep hartseer uitgespreek in 'n brief aan Lee Kuan Yew, terwyl leiers soos Ong Kee Hui van die Sarawak United Peoples' Party bevraagteken het. die rasionaal vir Maleisië se bestaan ​​ná skeiding.Ten spyte van hierdie kommer, het die Maleisiese Adjunk-premier Abdul Razak Hussein die besluit verdedig en die geheimhouding en dringendheid van die skuif toegeskryf aan die voortslepende Indonesië-Maleisië-konfrontasie.^[18]