Die presidentskap van Pervez Musharraf van 1999 tot 2007 was die eerste keer dat liberale magte beduidende mag in Pakistan gehad het.Inisiatiewe vir ekonomiese liberalisering, privatisering en mediavryheid is ingestel, met Shaukat Aziz, uitvoerende hoof van Citibank, wat beheer oor die ekonomie geneem het.Musharraf se regering het amnestie verleen aan politieke werkers van liberale partye, wat konserwatiewes en linkses opsy gesit het.Musharraf het private media aansienlik uitgebrei, met die doel om Indië se kulturele invloed teë te werk.Die Hooggeregshof het algemene verkiesings teen Oktober 2002 beveel, en Musharraf het die Amerikaanse inval in Afghanistan in 2001 onderskryf. Spanning met Indië oor Kasjmir het in 2002 tot 'n militêre stryd gelei.Musharraf se referendum in 2002, wat as omstrede beskou word, het sy presidensiële termyn verleng.In die algemene verkiesing van 2002 het liberale en sentriste 'n meerderheid gewen en 'n regering gevorm met Musharraf se steun.Die 17de wysiging aan Pakistan se Grondwet het Musharraf se optrede terugwerkend gelegitimeer en sy presidentskap verleng.Shaukat Aziz het in 2004 Eerste Minister geword, wat op ekonomiese groei gefokus het, maar teenkanting vir maatskaplike hervormings in die gesig gestaar het.Musharraf en Aziz het verskeie sluipmoordpogings oorleef wat met Al-Kaïda verband hou.Internasionaal het bewerings van kernverspreiding hul geloofwaardigheid aangetas.Binnelandse uitdagings het konflikte in stamgebiede en 'n wapenstilstand met die Taliban in 2006 ingesluit, hoewel sektariese geweld voortgeduur het.