Gedurende die 1991–1995 Bosniese Oorlog en Kroatiese Oorlog het Montenegro saam met sy polisie en militêre magte deelgeneem aan die aanvalle op Dubrovnik, Kroasië en Bosniese dorpe saam met Serwiese troepe, aggressiewe dade wat daarop gemik was om meer gebiede met geweld te bekom, gekenmerk deur 'n konsekwente patroon van growwe en sistematiese skendings van menseregte.Die Montenegrynse generaal Pavle Strugar is sedertdien skuldig bevind vir sy aandeel in die bomaanval op Dubrovnik.Bosniese vlugtelinge is deur die Montenegrynse polisie gearresteer en na Serwiese kampe in Foča vervoer, waar hulle aan sistematiese marteling en tereggestel is.In Mei 1992 het die Verenigde Nasies 'n embargo op FRJ ingestel: dit het baie aspekte van die lewe in die land geraak.As gevolg van sy gunstige geografiese ligging (toegang tot die Adriatiese See en 'n waterverbinding na Albanië oor die Skadarmeer) het Montenegro 'n spilpunt vir smokkelaktiwiteite geword.Die hele Montenegrynse nywerheidsproduksie het gestop, en die republiek se belangrikste ekonomiese aktiwiteit het die smokkel van gebruikersgoedere geword – veral dié wat 'n tekort het soos petrol en sigarette, wat albei in prys die hoogte ingeskiet het.Dit het 'n de facto gewettigde praktyk geword en dit het vir jare aangehou.Op sy beste het die Montenegrynse regering 'n blinde oog gedraai vir die onwettige aktiwiteit, maar meestal het dit aktief daaraan deelgeneem.Smokkelary het miljoenêrs gemaak uit allerhande skaduryke individue, insluitend senior regeringsamptenare.Milo Đukanović staan ​​steeds voor aksies in verskeie Italiaanse howe in die gesig oor sy rol in wydverspreide smokkelary gedurende die 1990's en in die verskaffing van veilige hawe in Montenegro vir verskillende Italiaanse Mafia-figure wat ook na bewering aan die smokkelverspreidingsketting deelgeneem het.