Die nuwe sultan het 'n nuwe hoofstad by die Johorrivier gestig en van daar af voortgegaan om die Portugese in die noorde te teister.Hy het deurgaans saam met sy broer in Perak en die Sultan van Pahang gewerk om Malakka te herower, wat teen hierdie tyd deur die fort A Famosa beskerm is.Op die noordelike deel van Sumatra het Aceh-sultanaat omstreeks dieselfde tydperk aansienlike invloed oor die Straat van Malakka begin kry.Met die val van Malakka in Christelike hande, het Moslem-handelaars Malakka dikwels oorgeslaan ten gunste van Aceh of ook van Johor se hoofstad Johor Lama (Kota Batu).Daarom het Malacca en Aceh direkte mededingers geword.Met die Portugese en Johor wat gereeld horings gesluit het, het Aceh verskeie klopjagte teen beide kante geloods om sy greep oor die seestraat te verstewig.Die opkoms en uitbreiding van Aceh het die Portugese en Johor aangemoedig om 'n wapenstilstand te onderteken en hul aandag na Aceh af te lei.Die wapenstilstand was egter van korte duur en met Aceh erg verswak, het Johor en die Portugese mekaar weer in hul visier gehad.Tydens die bewind van Sultan Iskandar Muda het Aceh Johor in 1613 en weer in 1615 aangeval ^{[. 54]}