Die laaste sultan van die Malakka-dinastie, Sultan Mahmud Shah II, was bekend vir sy wisselvallige gedrag, wat grootliks ongehinderd gegaan het ná die dood van Bendehara Habib en die daaropvolgende aanstelling van Bendahara Abdul Jalil.Hierdie gedrag het uitgeloop op die feit dat die Sultan die teregstelling van 'n adellike se swanger vrou vir 'n geringe oortreding beveel het.In weerwraak is die Sultan deur die beswaarde edeles vermoor, wat die troon vakant gelaat het in 1699. Die Orang Kayas, raadgewers van die sultan, het hulle tot Sa Akar DiRaja, Raja Temenggong van Muar gewend, wat voorgestel het dat Bendahara Abdul Jalil die troon erf.Die opvolging is egter met 'n mate van ontevredenheid begroet, veral van die Orang Laut.Gedurende hierdie tydperk van onstabiliteit het twee dominante groepe in Johor - die Bugis en die Minangkabau - 'n geleentheid gesien om mag uit te oefen.Die Minangkabau het Raja Kecil voorgestel, 'n prins wat beweer dat hy Sultan Mahmud II se postuum seun is.Met die belofte van rykdom en mag het die Bugis Raja Kecil aanvanklik ondersteun.Raja Kecil het hulle egter verraai en homself sonder hul toestemming tot Sultan van Johor gekroon, wat veroorsaak het dat die vorige Sultan Abdul Jalil IV gevlug en uiteindelik vermoor is.In vergelding het die Bugis kragte saamgesnoer met Raja Sulaiman, die seun van Sultan Abdul Jalil IV, wat gelei het tot Raja Kecil se onttrooning in 1722. Terwyl Raja Sulaiman as Sultan opgevaar het, het hy sterk beïnvloed geraak deur die Bugis, wat in werklikheid Johor regeer het.Gedurende Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah se bewind in die middel van die 18de eeu het die Bugis aansienlike beheer oor Johor se administrasie uitgeoefen.Hul invloed het so aansienlik gegroei dat teen 1760 verskeie Bugis-families in die Johor-koninklike geslag getrou het, wat hul oorheersing verder gekonsolideer het.Onder hul leierskap het Johor ekonomiese groei ervaar, versterk deur die integrasie van Chinese handelaars.Teen die laat 18de eeu het Engkau Muda van die Temenggong-faksie egter mag begin herwin, wat die grondslag gelê het vir die sultanaat se toekomstige welvaart onder leiding van Temenggong Abdul Rahman en sy afstammelinge.