In die laat 11de eeu het die Khwarazmiese dinastie beheer oor Irak oorgeneem.Hierdie tydperk van Turkse sekulêre heerskappy en die Abbasidiese kalifaat het afgesluit met die Mongoolse invalle in die 13de eeu.^[51] Die Mongole, onder leiding van Genghis Khan, het Khwarezmia teen 1221 verower. Irak het egter 'n tydelike uitstel beleef as gevolg van Genghis Khan se dood in 1227 en daaropvolgende magstryde binne die Mongoolse Ryk.Möngke Khan, vanaf 1251, het die Mongoolse uitbreiding hervat, en toe die kalief al-Mustasim die Mongoolse eise geweier het, het Bagdad 'n beleg in die gesig gestaar onder leiding van Hulagu Khan in 1258.Die beleg van Bagdad, 'n deurslaggewende gebeurtenis in die Mongoolse verowerings, het 13 dae gestrek vanaf 29 Januarie tot 10 Februarie 1258. Die Ilkhanate Mongoolse magte, saam met hul bondgenote, het Bagdad, die destydse hoofstad van die Abbasid-kalifaat, beleër, gevange geneem en uiteindelik geplunder .Hierdie beleg het gelei tot die bloedbad van die meeste van die stad se inwoners, wat moontlik in die honderdduisende getel het.Die omvang van die vernietiging van die stad se biblioteke en hul waardevolle inhoud bly 'n onderwerp van debat onder historici.Die Mongoolse magte het Al-Musta'sim tereggestel en Bagdad erge ontvolking en verwoesting toegedien.Hierdie beleg het simbolies die einde van die Islamitiese Goue Eeu gemerk, 'n tydperk waartydens die kaliefe hul heerskappy van die Iberiese Skiereiland na Sindh uitgebrei het.