Toe Histiaeus van die val van Milete hoor, blyk dit dat hy homself as leier van die verset teen Persië aangestel het.Hy het met sy mag Lesbiërs uit Bisantium vertrek en na Chios gevaar.Die Chians het geweier om hom te ontvang, daarom het hy die oorblyfsels van die Chian-vloot aangeval en vernietig.Verlam deur die twee nederlae op see, het die Chians toe bewillig aan Histiaeus se leierskap.Histiaeus het nou 'n groot mag Ioniërs en Eoliërs bymekaargemaak en Thasos gaan beleër.Hy het egter toe die nuus ontvang dat die Persiese vloot vanaf Milete vertrek om die res van Ionië aan te val, en daarom het hy vinnig na Lesbos teruggekeer.Om sy leër te voed, het hy kossoektogte na die vasteland naby Atarneus en Myus gelei.'n Groot Persiese mag onder Harpagus was in die gebied en het uiteindelik een kossoektog naby Malene onderskep.Die daaropvolgende geveg is hard geveg, maar is beëindig deur 'n suksesvolle Persiese ruiteraanval, wat die Griekse linie op pad gesit het.Histiaeus het self aan die Perse oorgegee, met die gedagte dat hy homself tot 'n kwytskelding van Darius sou kon oorpraat.Hy is egter eerder na Artaphernes geneem, wat, ten volle bewus van Histiaeus se vorige verraad, hom aan die paal gesit het en toe sy gebalsemde kop na Darius gestuur het.Die Persiese vloot en leër het by Milete oorwinter voordat hulle in 493 vC vertrek het om die laaste kole van die opstand finaal uit te roei.Hulle het die eilande Chios, Lesbos en Tenedos aangeval en ingeneem.Op elkeen het hulle 'n 'mens-net' van troepe gemaak en oor die hele eiland gevee om enige wegkruiprebelle uit te spoel.Hulle het toe oorgetrek na die vasteland en elkeen van die oorblywende stede van Ionië ingeneem, op soortgelyke wyse op soek na enige oorblywende rebelle.Alhoewel die stede van Ionië ongetwyfeld in die nasleep geknou is, lyk dit of niemand die lot van Milete gely het nie.Herodotus sê die Perse het die mooiste seuns uit elke stad gekies en hulle gekastreer, en die mooiste meisies gekies en hulle na die koning se harem weggestuur en toe die tempels van die stede verbrand.Alhoewel dit moontlik waar is, oordryf Herodotus waarskynlik ook die omvang van verwoesting. Binne 'n paar jaar het die stede min of meer na normaal teruggekeer en kon hulle 'n groot vloot toerus vir die tweede Persiese inval in Griekeland, net 13 jare later.Die Persiese leër het toe die nedersettings aan die Asiatiese kant van die Propontis weer verower, terwyl die Persiese vloot die Europese kus van die Hellespont opgevaar het en elke nedersetting om die beurt geneem het.Met die hele Klein-Asië wat nou stewig na Persiese heerskappy teruggekeer het, was die opstand uiteindelik verby.