Die Kennedy-administrasie het voortgegaan om maniere te soek om Castro te verdryf na die Bay of Pigs-inval, en eksperimenteer met verskeie maniere om die omverwerping van die Kubaanse regering heimlik te fasiliteer.Beduidende hoop is gevestig op die program van terreuraanvalle en ander destabiliseringsoperasies bekend as Operasie Mongoose, wat onder die Kennedy-administrasie in 1961 uitgedink is. Khrushchev het in Februarie 1962 van die projek verneem, en voorbereidings om Sowjet-kernmissiele in Kuba te installeer is in reaksie onderneem.Ontsteld het Kennedy verskeie reaksies oorweeg.Hy het uiteindelik gereageer op die installering van kernmissiele in Kuba met 'n vlootblokkade, en hy het 'n ultimatum aan die Sowjetunie gestel.Khrushchev het teruggedeins van 'n konfrontasie, en die Sowjetunie het die missiele verwyder in ruil vir 'n openbare Amerikaanse belofte om nie weer Kuba binne te val nie, asook 'n geheime ooreenkoms om Amerikaanse missiele uit Turkye te verwyder.Castro het later erken dat "ek sou ingestem het tot die gebruik van kernwapens ... ons het dit as vanselfsprekend aanvaar dat dit in elk geval 'n kernoorlog sou word, en dat ons gaan verdwyn."Die Kubaanse missielkrisis (Oktober–November 1962) het die wêreld nader aan kernoorlog gebring as ooit tevore.Die nasleep van die krisis het gelei tot die eerste pogings in die kernwapenwedloop om kernontwapening en die verbetering van verhoudings, hoewel die Koue Oorlog se eerste wapenbeheerooreenkoms, die Antarktiese Verdrag, in 1961 in werking getree het.In 1964 het Khrushchev se Kremlin-kollegas daarin geslaag om hom te verdryf, maar het hom 'n vreedsame aftrede toegelaat.John Lewis Gaddis, wat van onbeskofheid en onbevoegdheid beskuldig word, voer aan dat Khrushchev ook gekrediteer is met die verwoesting van die Sowjet-landbou, wat die wêreld op die rand van kernoorlog gebring het en dat Khrushchev 'n 'internasionale verleentheid' geword het toe hy die konstruksie van die Berlynse Muur gemagtig het.