دارالحکومت پر قبضے کے بعد، میکسیکو کی حکومت عارضی دارالحکومت Querétaro میں منتقل ہو گئی۔ میکسیکو سٹی میں، امریکی افواج قبضے کی فوج بن گئی اور شہری آبادی سے چھپے حملوں کا نشانہ بنی۔ روایتی جنگ نے اپنے وطن کا دفاع کرنے والے میکسیکو کی طرف سے گوریلا جنگ کو راستہ دیا۔ انہوں نے امریکی فوج کو خاص طور پر ان فوجیوں پر خاصا جانی نقصان پہنچایا جو آگے بڑھنے میں سست تھے۔
جنرل اسکاٹ نے اپنی طاقت کا تقریباً ایک چوتھائی حصہ ویراکروز کو جنرل ریا کی لائٹ کور اور دیگر میکسیکن گوریلا افواج سے محفوظ کرنے کے لیے بھیجا جنہوں نے مئی سے اسٹیلتھ حملے کیے تھے۔ میکسیکو کے گوریلوں نے انتقام اور تنبیہ کے طور پر اکثر امریکی فوجیوں کی لاشوں کو تشدد کا نشانہ بنایا اور مسخ کیا۔ امریکیوں نے ان کارروائیوں کو میکسیکو کے اپنے پیٹریا کے دفاع کے طور پر نہیں بلکہ میکسیکنوں کی نسلی کمتر کے طور پر ظلم و بربریت کے ثبوت کے طور پر تعبیر کیا۔ ان کی طرف سے، امریکی فوجیوں نے میکسیکو سے حملوں کا بدلہ لیا، چاہے ان پر انفرادی طور پر گوریلا کارروائیوں کا شبہ ہو۔
سکاٹ نے گوریلا حملوں کو "جنگ کے قوانین" کے خلاف سمجھا اور آبادیوں کی املاک کو دھمکی دی جو گوریلوں کو پناہ دینے کے لیے دکھائی دیتی تھیں۔ پکڑے گئے گوریلوں کو گولی مار دی جانی تھی، جن میں بے بس قیدی بھی شامل تھے، اس دلیل کے ساتھ کہ میکسیکنوں نے بھی ایسا ہی کیا۔ مورخ پیٹر گارڈینو کا کہنا ہے کہ میکسیکو کے شہریوں کے خلاف حملوں میں امریکی فوج کی کمان ملوث تھی۔ شہری آبادی کے گھروں، املاک اور خاندانوں کو پورے دیہاتوں کو جلانے، لوٹ مار کرنے اور عورتوں کی عصمت دری کرنے کی دھمکی دے کر، امریکی فوج نے گوریلوں کو اپنے اڈے سے الگ کر دیا۔ "گوریلا امریکیوں کو بہت مہنگا پڑتا ہے، لیکن بالواسطہ طور پر میکسیکو کے شہریوں کو زیادہ مہنگا پڑتا ہے۔"
سکاٹ نے پیوبلا کے گیریژن کو مضبوط کیا اور نومبر تک جالاپا میں 1,200 آدمیوں پر مشتمل گیریژن کا اضافہ کر دیا، ویرا کروز کی بندرگاہ اور دارالحکومت کے درمیان مرکزی راستے پر، میکسیکو سٹی اور پیوبلا کے درمیان ریو فریو میں پاس پر 750 آدمیوں کی چوکیاں قائم کیں۔ Perote اور San Juan Jalapa اور Puebla کے درمیان سڑک پر اور Jalapa اور Veracruz کے درمیان Puente Nacional میں۔ اس نے جنگ کو لائٹ کور اور دیگر گوریلوں تک لے جانے کے لیے لین کے نیچے ایک اینٹی گوریلا بریگیڈ کی بھی تفصیل بتائی تھی۔ اس نے حکم دیا کہ قافلے کم از کم 1,300 آدمیوں کے یسکارٹس کے ساتھ سفر کریں۔ Atlixco (18 اکتوبر 1847)، Izúcar de Matamoros (23 نومبر 1847) اور Galaxara پاس (24 نومبر 1847) پر لین کی فتوحات نے جنرل ری کی افواج کو کمزور کر دیا۔
بعد میں Zacualtipan (25 فروری 1848) میں پادری جاراؤٹا کے گوریلوں کے خلاف چھاپے نے امریکن لائن آف کمیونیکیشن پر گوریلا چھاپوں کو مزید کم کر دیا۔ 6 مارچ 1848 کو دونوں حکومتوں کے درمیان امن معاہدے کی توثیق کے انتظار میں جنگ بندی کے بعد، رسمی دشمنی ختم ہو گئی۔ تاہم، اگست میں امریکی فوج کے انخلاء تک کچھ بینڈ میکسیکو کی حکومت کی مخالفت کرتے رہے۔ کچھ کو میکسیکو کی فوج نے دبا دیا تھا یا پیڈری جراؤٹا کی طرح پھانسی دے دی گئی تھی۔