Смерть бездітного Федора 7 січня 1598 року, а також чутки про вбивство набагато молодшого брата Федора Димитрія привели Бориса до влади.Його обрання було запропоновано Патріархом Московським Іовом, який вважав, що Борис єдиний, хто здатний впоратися з труднощами ситуації.Однак Борис прийняв би престол лише від Земського собору (народних зборів), який зібрався 17 лютого і одностайно обрав його 21 лютого.1 вересня він був урочисто коронований на царя.Він усвідомлював необхідність того, щоб Росія наздогнала інтелектуальний прогрес Заходу, і зробив усе можливе для проведення освітніх і соціальних реформ.Він був першим царем, який масово імпортував іноземних вчителів, першим відправляв молодих росіян за кордон для отримання освіти і першим, хто дозволив будувати в Росії лютеранські церкви.