Після Каллодена урядові війська витратили кілька тижнів на пошуки повстанців, конфісковуючи худобу та підпалюючи будинки єпископальних і католицьких зібрань без присяжних.Жорстокість цих заходів була зумовлена ​​широко поширеним уявленням обох сторін про те, що новий десант неминучий.Звичайні солдати, які перебували на французькій службі, розглядалися як військовополонені і згодом обмінювалися, незалежно від національності, але 3500 полонених якобітів були звинувачені у зраді.З них 120 було страчено, переважно дезертирів і членів Манчестерського полку.Близько 650 померли в очікуванні суду;900 помилували, а решту перевезли.