У 1965 році, зіткнувшись із ескалацією напруженості та щоб запобігти подальшому конфлікту, прем'єр-міністр Малайзії Тунку Абдул Рахман запропонував вигнати Сінгапур зі складу Малайзії .Ця рекомендація була згодом схвалена парламентом Малайзії 9 серпня 1965 року одностайним голосуванням за відокремлення Сінгапуру.Того ж дня емоційний Лі Куан Ю, прем’єр-міністр Сінгапуру, оголосив про нову незалежність міста-держави.Всупереч поширеній думці, що Сінгапур було виключено в односторонньому порядку, останні документи показують, що дискусії між Партією народної дії (PAP) Сінгапуру та Альянсом Малайзії тривали з липня 1964 року. Лі Куан Ю та Го Кенг Сві, старший лідер PAP, організували відокремлення у такий спосіб, який представив це як безповоротне рішення для громадськості, спрямоване на отримання як політичної, так і економічної вигоди.^[16]Після відокремлення Сінгапуру було внесено конституційні поправки, які перетворили місто-державу на Республіку Сінгапур.Юсоф Ішак, раніше Янг ді-Пертуан Негара або віце-королівський представник, був інавгурований першим президентом Сінгапуру.У той час як малайський долар і долар Британського Борнео продовжували бути законною валютою протягом короткого періоду, дискусії про спільну валюту між Сінгапуром і Малайзією велися до остаточного введення сінгапурського долара в 1967 році. ^[17] У Малайзії місця в парламенті раніше займали Сінгапуром були передані Малайї, що змінило баланс сил і впливу штатів Сабах і Саравак.Рішення відокремити Сінгапур від Малайзії було зустрінуте різкою реакцією, особливо з боку лідерів Сабаху та Сараваку.Ці лідери висловили почуття зради та розчарування через те, що з ними не проконсультувалися під час процесу відокремлення. Головний міністр штату Сабах Фуад Стівенс висловив глибоке горе в листі до Лі Куан Ю, тоді як лідери, такі як Онг Кі Хуей з Об’єднаної народної партії Сараваку, поставили під сумнів саме обґрунтування існування Малайзії після відокремлення.Незважаючи на ці занепокоєння, віце-прем'єр-міністр Малайзії Абдул Разак Хусейн захистив це рішення, пояснивши секретність і терміновість цього кроку триваючим індонезійсько-малайзійським протистоянням.^[18]