На виборах 1997 року консервативна партія отримала значну більшість, що дозволило їм внести поправки до конституції, щоб зменшити стримування та противаги щодо влади прем'єр-міністра.Наваз Шаріф зіткнувся з інституційними проблемами з боку таких ключових фігур, як президент Фарук Легарі, голова Об’єднаного комітету начальників штабів генерал Джехангір Карамат, начальник штабу ВМС адмірал Фасіх Бохарі та головний суддя Саджад Алі Шах.Шариф успішно протистояв цим викликам, що призвело до відставки всіх чотирьох, а головний суддя Шах пішов у відставку після штурму Верховного суду прихильниками Шаріфа.Напруженість у відносинах з Індією загострилася в 1998 році після індійських ядерних випробувань (операція «Шакті»).У відповідь Шаріф скликав засідання комітету оборони кабінету міністрів і згодом наказав Пакистану провести ядерні випробування на пагорбах Чагай.Ця акція, хоч і була засуджена на міжнародному рівні, була популярною всередині країни та підвищила бойову готовність уздовж індійського кордону.Рішуча відповідь Шаріфа на міжнародну критику після ядерних випробувань включала засудження Індії за розповсюдження ядерної зброї та критику Сполучених Штатів за історичне використання ядерної зброї вЯпонії :Світ, замість того, щоб чинити тиск на [Індію]... не йти руйнівним шляхом... наклав на [Пакистан] усілякі санкції без її провини...!Якби Японія мала власний ядерний потенціал...[міста]...Хіросіма і Нагасакі не зазнали б атомного знищення від рук... Сполучених ШтатівПід його керівництвом Пакистан став сьомою державою, що заявила про наявність ядерної зброї, і першою в мусульманському світі.На додаток до ядерних розробок, уряд Шаріфа реалізував екологічну політику, створивши Пакистанське агентство з охорони навколишнього середовища.Продовжуючи культурну політику Бхутто, Шаріф дозволив певний доступ до індійських засобів масової інформації, відзначивши невелику зміну політики щодо ЗМІ.