Президентство Первеза Мушаррафа з 1999 по 2007 рік стало першим випадком, коли ліберальні сили мали значну владу в Пакистані.Були запроваджені ініціативи щодо економічної лібералізації, приватизації та свободи ЗМІ, а керівник Сітібанку Шаукат Азіз взяв під контроль економіку.Уряд Мушаррафа амністував політичних працівників ліберальних партій, відійшовши на другий план консерваторів і лівих.Мушарраф значно розширив приватні ЗМІ, прагнучи протистояти культурному впливу Індії.Верховний суд постановив провести загальні вибори до жовтня 2002 року, і Мушарраф схвалив вторгнення США в Афганістан у 2001 році. Напруженість з Індією через Кашмір призвела до військового протистояння у 2002 році.Референдум Мушаррафа 2002 року, який вважався суперечливим, продовжив термін його президентства.На загальних виборах 2002 року ліберали та центристи отримали більшість, сформувавши уряд за підтримки Мушаррафа.17-та поправка до конституції Пакистану заднім числом узаконила дії Мушаррафа та продовжила термін його президентства.Шаукат Азіз став прем’єр-міністром у 2004 році, зосередившись на економічному зростанні, але зіткнувшись з опозицією щодо соціальних реформ.Мушарраф і Азіз пережили кілька замахів, пов'язаних з Аль-Каїдою.На міжнародному рівні звинувачення в розповсюдженні ядерної зброї підірвали довіру до них.Внутрішні виклики включали конфлікти в племінних районах і перемир'я з Талібаном у 2006 році, хоча міжконфесійне насильство зберігалося.