У 1999 році в Пакистані стався безкровний військовий переворот під керівництвом генерала Первеза Мушаррафа та військового штабу Об’єднаного штабу.12 жовтня вони захопили контроль у цивільного уряду прем'єр-міністра Наваза Шаріфа.Через два дні Мушарраф, як голова виконавчої влади, суперечливо призупинив дію Конституції Пакистану.Переворот був зумовлений ескалацією напруженості між адміністрацією Шаріфа та військовими, зокрема з генералом Мушаррафом.Спроба Шаріфа замінити Мушаррафа генерал-лейтенантом Зіауддіном Баттом на посаді головнокомандувача армією зустріла опір з боку вищих військових чиновників і призвела до затримання Батта.Переворот був здійснений швидко.Протягом 17 годин військові командири захопили ключові державні установи, помістивши Шаріфа та його адміністрацію, включаючи його брата, під домашній арешт.Військові також взяли під контроль критичну комунікаційну інфраструктуру.Верховний суд Пакистану на чолі з головним суддею Іршадом Хасаном Ханом підтвердив воєнний стан відповідно до «доктрини необхідності», але обмежив його тривалість до трьох років.Шаріфа судили та засудили за створення небезпеки для життя на борту літака, на борту якого перебував Мушарраф, рішення, яке викликало суперечки.У грудні 2000 року Мушарраф несподівано помилував Шаріфа, який потім вилетів до Саудівської Аравії.У 2001 році Мушарраф став президентом після того, як змусив президента Рафіка Тарара піти у відставку.Національний референдум у квітні 2002 року, який багато хто розкритикував як шахрайство, продовжив правління Мушаррафа.На загальних виборах 2002 року відбулося повернення до демократії, коли PML(Q) Мушаррафа сформувала уряд меншості.