Під час війни в Боснії та Хорватії 1991–1995 років Чорногорія брала участь зі своїми поліцейськими та військовими силами в нападах на Дубровник, Хорватію та боснійські міста разом із сербськими військами, агресивні дії, спрямовані на силове захоплення нових територій, які характеризуються послідовною схемою грубі та систематичні порушення прав людини.Чорногорський генерал Павле Стругар був засуджений за участь у бомбардуванні Дубровника.Боснійські біженці були заарештовані чорногорською поліцією та перевезені до сербських таборів у Фочі, де піддавалися систематичним тортурам і страчувалися.У травні 1992 року ООН наклала ембарго на СРЮ: це вплинуло на багато сторін життя країни.Завдяки своєму вигідному географічному розташуванню (вихід до Адріатичного моря та водний шлях до Албанії через Скадарське озеро) Чорногорія стала центром контрабандної діяльності.Усе промислове виробництво в Чорногорії зупинилося, а основною економічною діяльністю республіки стала контрабанда споживацьких товарів – особливо тих, дефіциту, як-от бензину та сигарет, ціни на які обоє різко зросли.Це стало де-факто легалізованою практикою і тривало роками.У кращому випадку уряд Чорногорії закривав очі на незаконну діяльність, але здебільшого брав у ній активну участь.Контрабанда робила мільйонерів різного роду тіньових осіб, у тому числі вищих урядовців.Міло Джуканович продовжує стикатися з позовами в різних італійських судах через його роль у широко поширеній контрабанді в 1990-х роках і в наданні притулку в Чорногорії для різних фігур італійської мафії, які також нібито брали участь у ланцюжку розповсюдження контрабанди.