У 1511 році Малакка впала до португальців , і султан Махмуд Шах був змушений тікати з Малакки.Султан кілька разів намагався повернути столицю, але його зусилля були марними.Португальці помстилися і змусили султана втекти в Паханг.Пізніше султан відплив до Бінтану і заснував там нову столицю.Створивши базу, султан згуртував збентежені малайські сили та організував кілька атак і блокади португальських позицій.Базований у Пекан Туа, Сунгай Телур, Джохор, Джохорський султанат був заснований Раджею Алі Ібні Султаном Махмудом Мелакою, відомим як Султан Алауддін Ріят Шах II (1528–1564), у 1528 році ^[53] Хоча султан Алауддін Ріят Шах та його наступник довелося боротися з нападами португальців у Малакці та ачехівців на Суматрі, їм вдалося зберегти контроль над султанатом Джохор.Часті набіги на Малакку завдали португальцям серйозних труднощів, і це допомогло переконати португальців знищити сили вигнаного султана.Було зроблено кілька спроб придушити малайців, але лише в 1526 році португальці остаточно зрівняли Бінтан із землею.Потім султан відступив до Кампара на Суматрі і помер через два роки.Він залишив двох синів на ім'я Музаффар Шах і Алауддін Ріаят Шах II.^[53] Музаффар-шах продовжував засновувати Перак, а Алауддін Ріят-шах став першим султаном Джохора.^[53]